Cụ thể, Kiểm toán Nhà nước cho biết, kết quả thực hiện Chương trình Nhà ở xã hội tại hai thành phố này đến năm 2015 đạt tỷ lệ thấp so với chỉ tiêu phát triển NOXH giai đoạn 2011-2015 đã đề ra (TPHCM 22% và Đà Nẵng 43%); kế hoạch phát triển NOXH chưa được xây dựng dựa trên kết quả khảo sát về nhu cầu NOXH; chưa ban hành kế hoạch phát triển NOXH 5 năm, hàng năm của giai đoạn để cụ thể hóa chỉ tiêu, giải pháp, lộ trình thực hiện và nhiệm vụ của các cơ quan liên quan trong thực hiện Chương trình.
Bên cạnh đó, công tác kiểm tra, kiểm soát của cơ quan quản lý nhà nước còn chưa phát hiện, xử lý được một số sai sót trong việc xác định đối tượng mua nhà của chủ đầu tư và việc sử dụng căn hộ NOXH, dẫn đến nhiều trường hợp sử dụng sai mục đích, đối tượng nhưng chưa bị xử lý theo đúng quy định.
Nhìn chung, theo KTNN đánh giá, cả hai địa phương đều chưa quan tâm đúng mức đến công tác tổ chức đánh giá, rút kinh nghiệm về tình hình phát triển NOXH nhằm kịp thời đề xuất các giải pháp khắc phục hạn chế. Bên cạnh những hạn chế từ phía địa phương trong việc thực hiện Chương trình, các quy định của Chính phủ về NOXH còn một số bất cập như: Quy định về đối tượng, điều kiện và tiêu chí mua NOXH còn có điểm chưa rõ ràng, cụ thể, dẫn đến tiềm ẩn rủi ro xác định không đúng đối tượng; cơ chế xác định giá bán NOXH chưa có quy định đảm bảo sự phù hợp giữa thu nhập, khả năng thanh toán của đối tượng được mua với giá bán NOXH.