Tháng 5/2008, Nghị quyết 15 về việc điều chỉnh địa giới hành chính Thủ đô được Quốc hội thông qua. Đến tháng 7/2008, Bộ Quốc phòng tổ chức lễ công bố Lệnh số 16 của Chủ tịch nước “Về việc tổ chức lại Quân khu Thủ đô thành Bộ Tư lệnh Thủ đô Hà Nội”.
Thời điểm mở rộng địa giới hành chính Thủ đô, ông Phùng Đình Thảo đang là đại tá - Chủ nhiệm Chính trị Quân khu Thủ đô được bổ nhiệm là thiếu tướng - Chính ủy Bộ Tư lệnh Thủ đô Hà Nội.
Công việc đầu tiên thiếu tướng Phùng Đình Thảo phải thực hiện ở Bộ Tư lệnh Thủ đô là sắp xếp lại lực lượng. Công việc khó khăn nhất ông Thảo và lãnh đạo đơn vị phải thực hiện đó là tìm lời giải cho khoảng 1.000 sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp, viên chức quốc phòng dôi dư (khoảng 500 thượng tá, Đại tá) sau khi thành lập Bộ Tư lệnh Thủ đô.
45 năm trong quân ngũ, thiếu tướng Phùng Đình Thảo 3 lần chứng kiến việc sắp xếp lại quân ngũ với quy mô khác nhau. Lần thứ 3 với cương vị là cấp tướng, phải trực tiếp giải quyết lực lượng dôi dư sau khi thành lập Bộ Tư lệnh Thủ đô khiến ông Thảo cảm thấy “rất đau”.
“Chứng kiến nhiều cuộc giảm quân số nên lần này tôi suy nghĩ rất nhiều. Bản thân tôi cảm thấy “rất đau”, bởi bản thân sĩ quan, quân nhân đã có thời gian dài công tác. Nên nói thật, cứ nghĩ đến việc giải quyết quân số dôi dư khiến cả tuần tôi không ngủ được, sụt mất mấy kg', thiếu tướng Phùng Đình Thảo chia sẻ.
Chính những trăn trở đó, thiếu tướng Phùng Đình Thảo tự nhủ với chính mình là phải làm thực hiện công việc thật tỉ mỉ, cụ thể, công khai và trách nhiệm. Với những vấn đề vượt quá thẩm quyền thì phải xin ý kiến của cấp trên trước khi đưa ra quyết định.
Sau nhiều ngày bàn bạc, ông Thảo cùng lãnh đạo Bộ Tư lệnh Thủ đô tìm ra 4 hướng giải quyết gần 1.000 sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp, viên chức quốc phòng dôi dư.
Với hướng thứ nhất, những người đủ tuổi về hưu thì sắp xếp để nghỉ hưu; hướng thứ , với người được sắp xếp nghỉ theo Nghị định 21 (nghỉ hưu trước thời hạn); hướng thứ ba, đề nghị Bộ Quốc phòng, Quân ủy Trung ương điều đi đơn vị khác; hướng thứ tư, là sắp xếp ở lai Bộ Tư lệnh Thủ đô.
“Việc sắp xếp như vậy, có một số anh em tâm tư chia sẻ những khó khăn vất vả mà họ gặp phải sau này. Điều đó càng khiến tôi suy nghĩ trong công tác cán bộ cần phải làm minh bạch, rõ ràng và cùng thảo luận với cấp trên, cấp dưới để giải quyết vấn đề”, ông Thảo chia sẻ.
Quá trình sắp xếp lúc đó dù gian truân nhưng cũng được sự giúp đỡ lãnh đạo cấp trên và trong Bộ Tư lệnh Thủ đô nên đến tháng 12/2008, ông Thảo hoàn thành nhiệm vụ. “Thời gian sau đó tôi cũng thảnh thơi vô cùng vì nhiệm vụ khó khăn nhất mình đã vượt qua”, thiếu tướng Phù Đình Thảo nhớ lại.
Lãnh đạo Bộ Tư lệnh Thủ đô thời điểm đó có tới 3 người cùng quê ở Thạch Thất (ông Phùng Đình Thảo - Chính ủy, ông Đỗ Căn - Phó Chính ủy và Phí Quốc Tuấn - Tư lệnh) khiến nhiều người có suy nghĩ trong công tác cán bộ ở đây có tư tưởng cục bộ địa phương không khách quan.
“Dù đây là sự trùng hợp khách quan, bởi những cán bộ lãnh đạo ở Bộ Tư lệnh Thủ đô thời điểm ấy đều có thành tích trong chiến đấu và giữ trọng trách trong quân khu.
Tuy nhiên, khi phát hiện vấn đề, một mặt tôi đã báo cáo ngay cấp trên, mặt khác trao đổi với anh em phải thật gương mẫu trong công tác”, thiếu tướng Phùng Đình Thảo nói và cho biết, đến cuối năm 2009 ông được cấp trên điều chuyển lên Tổng cục Chính trị công tác 6 năm thì nghỉ hưu.
“Trong thời bình việc xem xét nghỉ hưu, nghỉ chính sách, điều động gần 1.000 sĩ quan, quân nhân… là thực sự khó khăn và rất phức tạp. Thế nhưng sau 1 năm, 100% sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp đã nhận nhiệm vụ, đó thực sự là thành công lớn”, trung tướng Phí Quốc Tuấn – nguyên Tư lệnh Bộ Tư lệnh Thủ đô nói.