Thượng tướng Nguyễn Nam Khánh sinh tháng 2/1927 tại xã Bình Phú Tây (nay là xã Tây Phú), huyện Tây Sơn, tỉnh Bình Định. Thường trú tại số nhà 36B Lý Nam Đế, phường Cửa Đông, quận Hoàn Kiếm, thành phố Hà Nội.
Ông là cán bộ hoạt động cách mạng tiền khởi nghĩa; Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương Đảng khóa V, VI, VII; nguyên Ủy viên Đảng ủy Quân sự Trung ương (nay là Quân ủy Trung ương), nguyên Phó Chủ nhiệm Tổng cục Chính trị Quân đội nhân dân Việt Nam.
Ông Nguyễn Nam Khánh được phong quân hàm Thiếu tướng năm 1977; Trung tướng năm 1984; Thượng tướng năm 1988.
Thượng tướng Nguyễn Nam Khánh được tặng thưởng Huân chương Độc lập hạng Nhất, Huân chương Quân công hạng Nhất, Huân chương Chiến thắng hạng Nhất, Huân chương Kháng chiến chống Mỹ cứu nước hạng Nhất, Huy hiệu 65 năm tuổi Đảng và nhiều phần thưởng cao quý khác.
Ban Bí Thư Trung ương Đảng đã quyết định Ban lễ tang Nhà nước gồm 25 đồng chí. Đại tướng Phùng Quang Thanh, Ủy viên Bộ chính trị, Phó Bí thư Quân ủy Trung ương, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng làm Trưởng ban.
Lễ viếng Thượng tướng Nguyễn Nam Khánh được tổ chức từ 8 giờ ngày 24/10/2013. Lễ truy điệu lúc 13 giờ 15 phút cùng ngày tại Nhà tang lễ quốc gia số 5 Trần Thánh tông, thành phố Hà Nội. Lễ an táng vào hồi 15 giờ 25 phút cùng ngày tại Nghĩa trang Mai Dịch, Hà Nội.