Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Sinh Hùng nhấn mạnh: “Tòa nào cũng nhân danh nước CHXHCN Việt Nam tuyên án. Không có tòa án nào hơn tòa án nào. Phải đảm bảo tinh thần ấy trong dự thảo. Tòa án sơ thẩm, tòa huyện, tòa tỉnh, tòa tối cao nhưng không phải cấp trên - cấp dưới. Mà là các tòa án độc lập”.
Vì vậy, Chủ tịch Quốc hội cho rằng, dự thảo “không toát lên tinh thần của Hiến pháp 2013”, chưa thể hiện được quyền của tòa sơ thẩm, tòa án tỉnh, thành phố và tối cao.
Chủ tịch Nguyễn Sinh Hùng đề nghị sự độc lập của thẩm phán phải được nêu rõ trong luật. “Thậm chí, cả việc ông tòa trong thời gian xét xử không được tiếp xúc với bên ngoài”, Chủ tịch Nguyễn Sinh Hùng đề nghị.
Chủ nhiệm Hội đồng Dân tộc Ksor Phước cũng cho rằng, dự thảo luật đang khiến mô hình quản lý hệ thống tòa án theo cơ cấu hành chính. “Khi tuyên án, Chánh án tòa được nhân danh CHXHCN Việt Nam và tất cả các bên đều phải chấp hành bản án có hiệu lực. Nhưng vị chánh án này lại phải phụ thuộc ông trên về tổ chức”.
Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật Phan Trung Lý khuyến nghị chỉ khi đảm bảo tính độc lập của tòa án, mới có thể tạo nên thẩm quyền độc lập của thẩm phán. Còn, nếu vẫn quản lý tòa án theo hệ thống hành chính thì không được.
Về quản lý các Tòa án nhân dân tại Điều 8, Dự thảo Luật quy định “Tòa án nhân dân Tối cao quản lý các Tòa án nhân dân về tổ chức, có sự phối hợp chặt chẽ với Hội đồng nhân dân”. Đại biểu Phan Trung Lý, Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật của Quốc hội băn khoăn: Nếu Tòa án Nhân dân Tối cao thực hiện quá nhiều nhiệm vụ thì ảnh hưởng đến hoạt động và chất lượng xét xử.
Chủ nhiệm Phan Trung Lý nêu rõ: “Tôi đề nghị xem lại khái niệm quản lý tòa án, trong này khi quy định về nhiệm vụ Tòa án Nhân dân Tối cao là quy định Tòa án tối cao quản lý Tòa án nhân dân các cấp về mọi mặt. Hiến pháp quy định Tòa án Nhân dân Tối cao chỉ có 3 nhiệm vụ, thứ nhất là xét xử, thứ hai là Giám đốc thẩm, thứ ba là tổng kết hoạt động xét xử và bảo đảm thống nhất hoạt động trong xét xử. Bây giờ quản lý hệ thống tòa án về mọi mặt sẽ ảnh hưởng đến hoạt động xét xử là hoạt động chủ yếu của toàn án”.
Về nhiệm vụ phát triển án lệ của Tòa án Nhân dân Tối cao, Phó Chủ tịch Quốc hội Tòng Thị Phóng đề nghị ban soạn thảo giải thích rõ khái niệm “án lệ” để đảm bảo sự thống nhất trong hệ thống pháp luật nước ta.
Cũng có ý kiến nêu quan điểm, quyết định Giám đốc thẩm của Tòa án Nhân dân Tối cao nên được coi là án lệ, vì vậy các quyết định Giám đốc thẩm của Tòa án nhân dân tối cao phải đảm bảo tính mẫu mực theo đúng quy định của pháp luật để các Tòa án khác nghiên cứu tham khảo.