Dự thảo đề án thí điểm mô hình chính quyền đô thị tại thành phố Hà Nội có 2 phương án: Phương án 1, thành phố Hà Nội xây dựng mô hình tổ chức 2 cấp chính quyền (cấp thành phố và cấp quận, huyện, thị xã) 1 cấp hành chính tại xã, phường, thị trấn.
Trong đó, chính quyền thành phố và chính quyền quận, huyện, thị xã về cơ bản giữ nguyên như hiện nay gồm có HĐND và UBND. Về tổ chức chính quyền cấp xã, phường, thị trấn sẽ không tổ chức HĐND, chỉ tổ chức cơ quan hành chính theo thiết chế UBND.
Với phương án 2, sẽ xây dựng mô hình tổ chức một cấp chính quyền (thành phố), 1 cấp hành chính (quận, huyện, thị xã) và 1 cơ quan hành chính đại diện (xã, phường, thị trấn). Theo đó, tổ chức chính quyền thành phố là cấp chính quyền đầy đủ gồm HĐND-UBND như hiện nay. Tổ chức chính quyền quận, huyện, thị xã là một cấp chính quyền không đầy đủ, không tổ chức HĐND cấp quận, huyện, phường; chỉ tổ chức cơ quan hành chính quận, huyện, thị xã theo thiết chế UBND.
Tổ soạn thảo đề nghị trong thời điểm hiện nay, việc thực hiện thí điểm mô hình chính quyền đô thị của thành phố Hà Nội sẽ thực hiện theo phương án 1. Tại các hội thảo, các ý kiến đồng thuận với phương án 1, tập trung đề xuất nhiều nội dung cụ thể hóa mô hình thí điểm chính quyền đô thị của thành phố.