Hiện Hà Nội cũng có 48 cơ sở sơ chế rau an toàn (RAT) là 48 chuỗi tiêu thụ RAT theo liên kết dọc. Trong đó, có 9/48 chuỗi tự tổ chức sản xuất rau, không thu gom, 23/48 chuỗi vừa sản xuất, vừa thu gom và 16/48 chuỗi chỉ thu gom, không sản xuất rau. RAT có tem, nhãn nhận diện, truy xuất nguồn gốc, được tiêu thụ qua 18 doanh nghiệp, 17 hợp tác xã cung cấp cho các cửa hàng bán lẻ, điểm phân phối, bếp ăn tập thể và hệ thống siêu thị với sản lượng gần 20.000 tấn/năm. Rau an toàn chưa có tem, nhãn nhận diện truy xuất nguồn gốc tiêu thụ tại các chợ đầu mối, chợ dân sinh, khu dân cư với sản lượng trên 370.000 tấn/năm.
Tuy nhiên, theo Chi Cục Bảo vệ thực vật Hà Nội, việc quản lý sản xuất RAT rất khó khăn do nông dân sản xuất qui mô nhỏ, phân tán, số hộ sản xuất rau rất lớn với trên 200 nghìn hộ. Có 5000 ha đã được chứng nhận đủ điều kiện ATTP nhưng vẫn còn 7000 ha chưa chứng nhận đủ điều kiện ATTP. Mặt khác, để sản xuất rau an toàn nông dân phải có kiến thức, kỹ năng, cần các thử nghiệm chuyển giao tiến bộ kỹ thuật, truyền thông để thay đổi tập quán canh tác, phòng trừ sâu bệnh, sử dụng thuốc bảo vệ thực vật (BVTV), áp dụng qui trình kỹ thuật và thực hiện các qui định về ATTP.
Bên cạnh đó, số hoạt chất và tên thương phẩm thuốc BVTV không ngừng tăng lên, hiện tại có 1785 hoạt chất và 4094 tên thương phẩm cùng với sự phong phú của trên 40 loại rau, sự đa dạng và diễn biến phức tạp của sâu bệnh làm cho nông dân khó khăn trong việc lựa chọn đúng thuốc BVTV.
Ngược lại, người tiêu dùng cũng khó mua được rau an toàn có nguồn gốc xuất xứ rõ ràng; thiếu lòng tin với rau an toàn khi không thể phân biệt rau an toàn với rau không an toàn bằng cảm quan, chỉ phân biệt được khi có tem nhãn nhận diện của các doanh nghiệp.
Theo Chi Cục Bảo vệ thực vật Hà Nội, sự liên kết giữa doanh nghiệp, hợp tác xã, nông dân không chặt chẽ, không hài hòa lợi ích giữa các bên, hợp đồng thường bị phá vỡ. Vai trò của hợp tác xã còn hạn chế, mới chỉ đáp ứng một số dịch vụ đầu vào, không có vốn hoặc vốn rất thấp, không tài sản thế chấp nên khó tiếp cận vốn tín dụng, không có kiến thức, kinh nghiệm kinh doanh cho nên hầu hết không đáp ứng dịch vụ đầu ra cho nông dân.
Hiện cũng chưa có quy định về kiểm soát nguồn gốc, xuất xứ rau lưu thông, thương mại trên thị trường; trong khi nông dân sản xuất rau quy mô nhỏ, rau đa số bán rong, bán tại các chợ xanh, chợ cóc, khu dân cư rất khó truy xuất nguồn gốc và việc quy đầu mối trách nhiệm trở nên không khả thi.