Theo cáo trạng, từ tháng 3/2017 đến tháng 3/2020, Chuân đã có hành vi lên mạng xã hội facebook bỏ "phiếu trưng cầu dân ý" bầu Đào Minh Quân (đối tượng sống ở nước ngoài) làm “Tổng thống đệ III Việt Nam Cộng hòa”; làm đơn tự nguyện xin tham gia vào tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời”; tham gia họp trực tuyến và đóng góp ý kiến vào việc sửa đổi “Hiến ước đệ II Việt Nam Cộng hòa” thành “Hiến pháp đệ III Cộng hòa”...
Ngoài ra, Chuân cũng nhận được lệnh bổ nhiệm mang quân hàm thiếu tá, phụ trách phòng 3, Bộ Tổng tham mưu của tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời”, rồi chuyển sang “Phụ tá Bộ chỉ huy Quân cảnh tư pháp” của tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời”.
Theo kết quả điều tra, Chuân còn sử dụng mạng xã hội để đăng tải, chia sẻ các bài viết, hình ảnh, video có nội dung kêu gọi mọi người tham gia tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời”; vu khống, xuyên tạc về Chủ tịch Hồ Chí Minh và các lãnh đạo cao cấp của Đảng; xuyên tạc chủ trương, đường lối, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước…
Tại phiên tòa, Trần Nguyên Chuân đã thành khẩn khai báo vi phạm tội. HĐXX đã tuyên phạt Trần Nguyên Chuân 6,5 năm tù giam.