Ngoài Bộ Tài Nguyên và Môi trường (TNMT) cấp phép cho 4 doanh nghiệp khai thác nước ngầm, tại Đồng Nai, sở TNMT cũng đã cấp 384 giấy phép khai thác nước ngầm cho các doanh nghiệp. Các doanh nghiệp khai thác nước ngầm nhiều nhất tập trung tại các KCN huyện Nhơn Trạch và huyện Long Thành. Trong đó huyện Long Thành có trữ lượng tiềm năng nước dưới đất trên 544m3/ngày với lưu lượng khai thác 176,796m3/ngày. Tỷ lệ khai thác đạt 32,47%. Trữ lượng tiềm năng nước dưới đất trên địa bàn huyện Nhơn Trạch 224.060m3/ngày trong khi tỷ lệ khai thác nước dưới đất đạt 45,7%. Theo Sở TNMT Đồng Nai thì hiện trạng khai thác nước ngầm tại huyện Nhơn Trạch đã vượt trữ lượng an toàn 14.650m3/ngày.
Trong khi tổng lưu lượng nước ngầm khai thác trên địa bàn huyện Nhơn Trạch đang vượt quá ngưỡng an toàn thì trên địa bàn này đã có 2 đơn vị cung cấp nước mặt là Cty cấp nước Đồng Nai cung cấp 15.000m3/ngày đêm và Cty cấp nước hồ Cầu Mới cung cấp 90.000m3 ngày đêm đảm bảo cung cấp đủ nguồn nước thô, nước sạch cho các KCN trên địa bàn huyện Nhơn Trạch. Đó là chưa kể, hồ Cầu mới cũng là công trình hồ chứa nước 30 triệu m3 do tỉnh Đồng Nai xây dựng hơn 10 năm qua nhưng chưa phát huy hiệu quả.
Để hạn chế việc khai thác nước ngầm dưới đất tràn lan, làm ảnh hưởng đến nguồn nước ngầm trên địa bàn tỉnh, UBND tỉnh Đồng Nai thực hiện chủ trương không xem xét, cấp phép khai thác nước ngầm trên địa bàn tỉnh Đồng Nai. Ở các khu vực đã có hệ thống cấp nước tập trung được khai thác từ nguồn nước mặt, UBND tỉnh Đồng Nai chỉ đạo Sở TNMT yêu cầu các đơn vị chấm dứt việc sử dụng nước ngầm. Đảm bảo đến cuối năm 2017 đóng các giếng nước ngầm. Tuy nhiên, đến nay đã gần hết năm 2017, việc đóng các giếng khai thác nước ngầm vẫn chưa được thực hiện. Các doanh nghiệp khai thác nước ngầm vẫn đưa ra các lý do để tồn tại.
Khai thác nước ngầm cho sản xuất công nghiệp là không hợp lý
Tiến sĩ Đỗ Văn Lĩnh, Phó liên đoàn trưởng, Liên đoàn Bản đồ địa chất miền Nam (Bộ TN-MT) cho biết ở những nơi có nền địa chất tương đối tốt như Đồng Nai nói riêng và Đông Nam bộ nói chung nếu nước ngầm bị khai thác quá mức cũng sẽ dẫn đến tình trạng sụt lún, nứt mặt đất cục bộ.
Các chuyên gia cũng cho biết việc khai thác vượt ngưỡng an toàn sẽ làm cho nước ngầm không bổ sung kịp, ảnh hưởng đến nguồn tài nguyên nước ngọt trong lòng đất. Hệ lụy của nó thường xảy ra trong vài chục năm sau, nên những tác động hiện nay khó nhìn thấy và đo đếm hết. Tỉnh Đồng Nai, nằm trong hệ thống sông Đồng Nai, nguồn cung cấp nước ngọt sinh hoạt cho cả TPHCM. Chính vì vậy, việc khai thác nước ngầm để phục vụ cho sản xuất công nghiệp là không hợp lý.