Theo Thanh tra Chính phủ (TTCP), năm 2007, Thủ tướng Chính phủ phê duyệt “Đề án phát triển nhiên liệu sinh học đến năm 2015, tầm nhìn đến năm 2025” trong đó có đặt mục tiêu đến năm 2015 là “Xây dựng và phát triển các cơ sở sản xuất và sử dụng nhiên liệu sinh học trên phạm vi cả nước”.
Từ năm 2007 đến 2009, Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN) đã quyết định đầu tư, chỉ đạo các đơn vị thành viên góp vốn thành lập 2 Cty cổ phần và 1 Cty liên danh để thực hiện đầu tư 3 dự án sản xuất ethanol nhiên liệu tại Phú Thọ, Khu kinh tế Dung Quất - Quảng Ngãi và tại Bình Phước; công suất mỗi nhà máy là 100 triệu lít/năm, nguồn vốn đầu tư do các cổ đông góp 30% và vay tín dụng thương mại 70%.
Đến khi thanh tra (12/2014), dự án Dung Quất và Bình Phước đã đầu tư xong, riêng dự án Phú Thọ được đầu tư sớm nhất (từ tháng 9/2009) nhưng chưa hoàn thành do nhà thầu Tổng công ty Xây lắp Dầu khí (PVC) dừng thi công từ tháng 11/2011.
Cũng theo TTCP, tính đến tháng 10/2014, ba dự án trên đã được “rót” hơn 5.400 tỷ đồng. Mặc dù được đầu tư với số tiền lớn, song cả 3 dự án đều không đạt hiệu quả, dự án thì lỗ, dự án thì “phơi sương”. Ethanol Dung Quất lỗ 164 tỷ đồng trong năm 2014, Ethanol Bình Phước lỗ khoảng 400 tỷ đồng trong năm 2013-2014, còn dự án Ethanol Phú Thọ được khởi công sớm nhất, đã tiêu tốn hơn 1.534 tỷ đồng nhưng hiện nay vẫn dang dở. “Đến tháng 9/2016, chủ đầu tư PVB, nhà thầu PVC và PVN vẫn chưa có giải pháp, dự án ngày càng bế tắc, nguy cơ khó tiếp tục thực hiện” - TTCP cảnh báo.
Ngoài ra, TTCP cũng chỉ ra hàng loạt khuyết điểm, vi phạm trong chỉ định nhà thầu thực hiện gói thầu EPC dự án Phú Thọ và Dung Quất; đàm phán hợp đồng, ký kết hợp đồng và điều chỉnh giá trị hợp đồng EPC.
Cùng với kiến nghị Bộ Công Thương chủ trì, chỉ đạo PVN kiểm điểm làm rõ trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân liên quan, TTCP đề nghị chuyển hồ sơ sang Bộ Công an để điều tra, xử lý theo quy định pháp luật đối với sai phạm trong quá trình đầu tư xây dựng dự án tại Phú Thọ và Dung Quất có dấu hiệu cố ý làm trái hoặc thiếu tinh thần trách nhiệm trong lựa chọn địa điểm xây dựng, chỉ định thầu, ký kết và thực hiện hợp đồng EPC, dẫn đến hậu quả nghiêm trọng.