Theo Thanh tra Chính phủ (TTCP), năm 2007, Thủ tướng Chính phủ phê duyệt “Đề án phát triển nhiên liệu sinh học đến năm 2015, tầm nhìn đến năm 2025” trong đó có đặt mục tiêu đến năm 2015 là “Xây dựng và phát triển các cơ sở sản xuất và sử dụng nhiên liệu sinh học trên phạm vi cả nước”.
Tháng tháng 10/2007 đến tháng 3/2009, Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN) đã quyết định chủ trương đầu tư, chỉ đạo các đơn vị thành viên góp vốn thành lập 2 công ty cổ phần và 1 công ty liên danh để thực hiện đầu tư 3 dự án sản xuất ethanol nhiên liệu tại 3 miền gồm: Nhà máy nhiên liệu sinh học tại Phú Thọ, Khu kinh tế Dung Quất - Quảng Ngãi và tại Bình Phước; công suất mỗi nhà máy là 100 triệu lít/năm, nguồn vốn đầu tư do các cổ đông góp 30% và vay tín dụng thương mại 70%.
Đến thời điểm thanh tra, dự án Dung Quất và Bình Phước đã đầu tư xong, riêng dự án Phú Thọ được thực hiện đầu tư sớm nhất (từ tháng 9/2009) nhưng chưa hoàn thành do nhà thầu PVC đã dừng thi công từ tháng 11/2011.
Cũng theo TTCP, tính đến thời điểm tháng 10/2014, tổng số vốn đã rót vào 3 dự án này là hơn 5.400 tỷ đồng, trong đó: dự án Phú Thọ là 1.534 tỷ đồng; dự án Dung Quất hơn 2.124 tỷ đồng; dự án Bình Phước hơn 1.742 tỷ đồng.
Mặc dù được đầu tư với số tiền lớn, song cả 3 dự án đều không đạt hiệu quả, dự án Dung Quất lỗ khoảng 164 tỷ đồng trong năm 2014; dự án Bình Phước thì lỗ khoảng 400 tỷ đồng trong năm 2013-2014; còn dự án Phú Thọ thì “ngày càng lâm sâu vào tình trạng bế tắc, khắc phục được là rất khó khăn” – TTCP cảnh báo.
Tại dự án nhà máy Ethanol Phú Thọ, cơ quan chức năng đã làm rõ nhưng sai phạm có liên quan đến nhà thầu là Tổng công ty Xây lắp Dầu khí (PVC)-thời điểm ông Trịnh Xuân Thanh làm Chủ tịch.
Cụ thể, dự án Phú Thọ tổng mức đầu tư khi phê duyệt là 1.317,5 tỷ đồng, giá trị gói thầu EPC hơn 59 triệu USD nhưng trong quá trình thực hiện, chủ đầu tư PVB và nhà thầu Tổng công ty Xây lắp dầu khí (PVC) đã điều chỉnh giá trị hợp đồng EPC tăng thêm hơn 14,3 triệu USD. Đáng chú ý, theo Thanh tra Chính phủ, "các nguyên nhân tăng giá gói thầu đã không xuất phát từ nhu cầu dự án và yêu cầu của chủ đầu tư.
Đặc biệt, dự án được khởi công sớm nhất nhưng chưa hoàn thành, nhà thầu PVC đã dừng thi công từ tháng 11/2011, vi phạm hợp đồng PVC, gây hậu quả nghiêm trọng.
Đối với dự án Phú Thọ, nhà thầu PVC đã đơn phương dừng thi công dự án gây hậu quả nghiêm trọng khiến toàn bộ máy móc, thiết bị lắp đặt đã bị han gỉ, vốn đã đầu tư 1.534 tỷ đồng chưa phát huy, tăng chi phí vốn vay và các chi phí khác; việc thi công các gói thầu, dự án thành phần thuộc nhà máy cũng bị ngừng trệ.
Tình trạng dự án này tồi tệ đến nỗi, Thanh tra Chính phủ phải đưa ra nhận định: "Đến tháng 9/2016, chủ đầu tư PVB, nhà thầu PVC và PVN vẫn chưa có giải pháp, dự án ngày càng lâm sâu vào tình trạng bế tắc, tiềm ẩn nguy có khó tiếp tục thực hiện".
Tại dự án Phú Thọ, chủ đầu tư PVB còn lập và phê duyệt điều chỉnh tổng mức đầu tư từ 1.317,5 tỷ đồng lên thành 2.484,9 tỷ đồng không đúng quy định về Quản lý chi phí đầu tư xây dựng công trình.
Ngoài ra, TTCP cũng chi ra hàng loạt khuyết điểm, vi phạm trong việc chỉ định nhà thầu thực hiện gói thầu EPC dự án Phú Thọ và Dung Quất; đàm phán hợp đồng, ký kết hợp đồng và điều chỉnh giá trị hợp đồng EPC.
Cùng với kiến nghị Bộ Công Thương chủ trì, chỉ đạo PVN kiểm điểm làm rõ trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân liên quan, TTCP đề nghị chuyển hồ sơ sang Bộ Công an để điều tra, xử lý theo quy định pháp luật đối với sai phạm trong quá trình đầu tư xây dựng dự án tại Phú Thọ và Dung Quất có dấu hiệu cố ý làm trái và/hoặc thiếu tinh thần trách nhiệm trong việc lựa chọn địa điểm xây dựng, trong chỉ định thầu, trong ký kết và thực hiện hợp đồng EPC, dẫn đến hậu quả nghiêm trọng.