Theo kết luận của Thanh tra TPHCM, tháng 12/2017, Hội đồng thành viên SAGRI thống nhất phê duyệt chuyển nhượng toàn bộ dự án khu nhà ở Phước Long B (quận 9, TPHCM) với diện tích 3,75 ha cho Tổng công ty cổ phần PP với giá hơn 168 tỷ đồng (tương đương hơn 10,5 triệu đồng/m2), được cho là giá quá bèo so với giá thị trường thời điểm lúc bấy giờ.
Điều đáng nói, mức giá này thấp hơn giá mà Tổng công ty PP huy động vốn từ khách hàng thời điểm năm 2013 (gần 14 triệu đồng/m2) và thấp hơn giá chuyển nhượng của dự án liền kề (khoảng 29 triệu đồng/m2).
SAGRI sử dụng 3,75ha đất hợp tác khai thác dự án với giá trị vốn góp có tỉ lệ chỉ là 22%, trong khi Tổng công ty Phong Phú chiếm tỉ lệ lên tới 78%. Kết luận thanh tra xác định SAGRI chuyển nhượng vốn góp là quyền sử dụng đất tại dự án đã hoàn chỉnh hạ tầng kỹ thuật cho Tổng công ty PP nhưng không qua đấu giá để xác định giá trị thị trường.
Sai phạm của SAGRI tiếp tục xảy ra tại dự án Cụm công nghiệp Láng Le - Bàu Cò. Năm 2004, SAGRI liên doanh với Công ty Hồng Lĩnh thực hiện dự án Láng Le – Bàu Cò có quy mô 89 ha với tổng mức đầu tư 683 tỷ đồng.
Đến năm 2010, SAGRI đã tự ý thay đổi đối tác từ Công ty Hồng Lĩnh sang Công ty cổ phần PP mà không có văn bản chấp thuận của UBND TPHCM.
Đáng nói là, khu đất trên UBND TPHCM giao cho SAGRI đầu tư xây dựng hạ tầng cụm công nghiệp có nguồn gốc từ đất công, thuộc trường hợp phải đấu giá khi chuyển đổi chủ đầu tư. Việc chuyển đổi chủ đầu tư của SAGRI được xác định là trái với quy định của Luật Đất đai.
Trước đó, qua đơn thư tố cáo của nhiều cán bộ, nhân viên, Thanh tra TPHCM cũng đã vào cuộc làm rõ công ty cổ phần Lâm Nghiệp Sài Gòn – FORIMEX (SAGRI góp 26,21%) đã bán hơn 3,6 ha đất trồng cây lâu năm ở Phú Quốc với giá 280.000 đồng/m2, trong khi giá thị trường tại thời điểm đó là khoảng 3 triệu đồng/m2. Việc bán đất giá bèo nói trên là trái quy định, vi phạm hợp đồng thuê đất với Sở Tài nguyên & Môi trường tỉnh Kiên Giang.
Nghiêm trọng nhất là theo kết luận của Thanh tra TPHCM, từ ngày 3/10 đến ngày 1/11/2016, Tổng Giám đốc SAGRI Lê Tấn Hùng ký 10 hợp đồng tham quan, học tập kinh nghiệm ở một số nước như Pháp, Bỉ, Hà Lan, Đức, Nga… với tổng giá trị 13,3 tỷ đồng với Cty CP DL Thanh Niên Xung Phong và Cty CP DL Hòa Bình. Thế nhưng, qua kiểm tra 10 người đang công tác tại Công ty Bò Sữa và 12 người đang công tác tại Công ty Cây trồng có tên trong danh sách đi nước ngoài do Tổng Giám đốc SAGRI Lê Tấn Hùng ký thì không có người nào.