Theo đó, Bộ Tài chính trích 31,5 tỷ đồng từ nguồn dự phòng ngân sách T.Ư năm 2006 để bổ sung cho 3 Bộ khắc phục hậu quả cơn bão số 6, cụ thể: Bộ GTVT được bổ sung 27,5 tỷ đồng để khôi phục cơ sở hạ tầng giao thông (đường bộ 22 tỷ đồng, đường sông 1,5 tỷ đồng, đường sắt 4 tỷ đồng).
Bộ Tài nguyên và Môi trường được bổ sung 2 tỷ đồng để sửa chữa các Đài Khí tượng thủy văn (trong đó Đài Khí tượng thủy văn khu vực Trung Trung bộ hơn 1,5 tỷ đồng).
Bộ NN&PTNT được bổ sung 2 tỷ đồng để sửa chữa, cải tạo và nâng cấp trụ sở Văn phòng thường trực phòng, chống lụt bão miền Trung tại Đà Nẵng.