Theo đó, Bộ GTVT yêu cầu Cục Đường sắt Việt Nam chỉ đạo lực lượng Thanh tra đường sắt phối hợp chặt chẽ với Ban An toàn giao thông, Sở Giao thông vận tải, Ủy ban nhân dân các huyện, thị thuộc tỉnh Thừa Thiên Huế và các đơn vị đường sắt để bảo đảm trật tự an toàn giao thông đường sắt, nhất là các khu vực có nhiều điểm giao cắt giữa đường sắt và đường bộ; kịp thời ngăn chặn và xử lý nghiêm theo thẩm quyền.
Sau chỉ đạo của Phó Thủ tướng Trương Hoà Bình về vụ tai nạn, Bộ GTVT cũng chỉ đạo Tổng công ty Đường sắt Việt Nam chủ động phối hợp với chính quyền địa phương, các Bệnh viện cứu chữa các nạn nhân bị thương nhằm hạn chế đến mức thấp nhất thiệt hại về người; tổ chức thăm hỏi, hỗ trợ, động viên các gia đình có người bị chết và bị thương đang cấp cứu tại bệnh viện.
Tổng công ty Đường sắt Việt Nam cũng được chỉ đạo khẩn trương phối hợp với các lực lượng của chính quyền địa phương tổ chức cứu hộ, điều động nhân lực, phương tiện, thiết bị cứu hộ, cứu nạn đến hiện trường để giải quyết khắc phục hậu quả vụ tai nạn, khôi phục chạy tàu nhanh nhất. Tổng công ty Đường sắt cũng có trách nhiệm phối hợp chặt chẽ với lực lượng Công an tỉnh Thừa Thiên Huế và Cục Đường sắt Việt Nam khẩn trương điều tra, xác minh nguyên nhân vụ tai nạn nói trên, xử lý nghiêm các tổ chức, cá nhân gây ra vụ tai nạn theo đúng quy định của pháp luật.
Vào lúc 14 giờ 40 phút, ngày 20/02/2017 tại Km738+200 (đường ngang phòng vệ bằng biển báo), khu vực Lăng Cô – Cầu Hai, tuyến đường sắt Hà Nội - TP. Hồ Chí Minh (thuộc địa bàn xã Lộc Tiến, huyện Phú Lộc, tỉnh Thừa Thiên Huế) xảy ra vụ tai nạn giao thông đường sắt đặc biệt nghiêm trọng, do đoàn tàu khách mang số hiệu SE2 chạy hướng TP. Hồ Chí Minh – Hà Nội đâm vào xe ô tô tải biển số 75C-02691 cố tình vượt qua đường sắt, xe ô tô bị hỏng nặng.
Hậu quả: làm 3 người chết và 2 người bị thương đang được cấp cứu tại Bênh viện đa khoa huyện Phú Lộc, tỉnh Thừa Thiên Huế. Vụ tai nạn làm đổ 3 toa xe khách, 1 đầu máy, xe ô tô bị hỏng nặng. Nguyên nhân của vụ tai nạn nói trên đang được các cơ quan chức năng điều tra làm rõ.