Về nội dung tổng mức đầu tư giảm sau kiểm toán, bộ GTVT cho hay, Nghị định số 112/2009/NĐ-CP ngày 14/12/2009 của Chính phủ quy định: "Tổng mức đầu tư xây dựng công trình (sau đây gọi tắt là tổng mức đầu tư) là chi phí dự tính của dự án, Tổng mức đầu tư là cơ sở để chủ đầu tư lập kế hoạch và quản lý vốn khi thực hiện đầu tư xây dựng công trình". Nguyên nhân có quy định này vì trong bước lập dự án đầu tư, không thể tính toán chính xác chi phí thực tế đầu tư xây dựng công trình.
Ngoài ra, trong Hợp đồng BOT, Bộ GTVT và nhóm công tác liên ngành (gồm có Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính, Địa phương liên quan) đã quy định sử dụng giá trị quyết toán phù hợp với các kết luận thanh tra, kiểm toán được cơ quan có thẩm quyền chấp thuận là giá trị cuối cùng để xác định thời gian thu phí hoàn vốn cho dự án.
Bộ GTVT cho rằng, trong quá trình thực hiện các dự án BOT vừa qua, chi phí thực tế giảm, dẫn tới thời gian thu phí giảm. Chi phí xây dựng giảm dựa vào các yếu tố: Tiến độ dự án được rút ngắn; giá xây dựng, lãi suất giảm; điều chỉnh quy mô đầu tư phù hợp với giai đoạn hiện nay.
“Nếu dự án đầu tư lập phù hợp, các yếu tố kinh tế vĩ mô ổn định và quản lý đầu tư tốt thì việc rút ngắn thời gian thu phí là tất yếu và đã được dự liệu trước phương án điều chỉnh trong hợp đồng BOT” – thông báo của Bộ GTVT nêu.
Bộ GTVT cũng cho biết, một số dự án chưa được Kiểm toán nhà nước kiểm toán, Bộ GTVT căn cứ vào dự toán và đàm phán ký hợp đồng điều chỉnh rút ngắn thời gian thu phí như: Dự án QL10 đoạn La Uyên - Tân Đệ được điều chỉnh rút ngắn thời gian thu phí tạm tính ban đầu 21,33 năm xuống còn 10 năm 3 tháng; Dự án cầu Rạch Miễu, QL60, tỉnh Bến Tre được điều chỉnh rút ngắn thời gian thu phí tạm tính ban đầu 22 năm 10 tháng xuống còn 13 năm 5 tháng.
Để làm cơ sở quyết toán điều chỉnh hợp đồng, ngay từ ngày 28/4/2014, Bộ GTVT đã chủ động có văn bản số 4771/BGTVT-TC đề nghị Kiểm toán Nhà nước hỗ trợ kiểm toán tất cả các dự án BOT. Đến nay, Kiểm toán Nhà nước đã hoàn thành 27 dự án và đang tiếp tục kiểm toán các dự án trong thời gian tới.
Bộ GTVT đã thành lập tổ công tác do một Thứ trưởng chủ trì để trực tiếp chỉ đạo công tác quyết toán. Tuy nhiên, một số dự án chỉ quyết toán được một phần do các hướng dẫn về thực hiện công tác quyết toán các dự án BOT còn nhiều vướng mắc. Bộ GTVT đã trình Thủ tướng Chính phủ các cơ chế chính sách để tháo gỡ các khó khăn trong quá trình quyết toán các dự án BOT.
Bên cạnh đó, Bộ GTVT đã phân giao nhiệm vụ cho Tổng cục Đường bộ Việt Nam theo dõi trong quá trình vận hành khai thác thu phí.
Mới đây, kiểm toán Nhà nước cho biết nhiều dự án trong số 27 dự án kiểm toán phải giảm 5-7 năm thu phí. Tổng cộng tất cả các dự án, giảm tới gần 100 năm thu phí.