Theo Bộ GTVT, dự án đường sắt Yên Viên – Ngọc Hồi giai đoạn 1 đang trong giai đoạn cập nhật hồ sơ thiết kế, hồ sơ mời thầu. Tuy nhiên, do khó khăn về nguồn vốn đối ứng để giải phóng mặt bằng khu tổ hợp Ngọc Hồi nên khó hoàn thành giai đoạn 1 vào năm 2024.
Do đó, Bộ GTVT kiến nghị Thủ tướng giao Bộ KH-ĐT nghiên cứu, tham mưu Chính phủ báo cáo Quốc hội có ý kiến về chủ trương thực hiện đối với tổng thể dự án tuyến metro số 1 Yên Viên - Ngọc Hồi.
Theo hướng, Bộ GTVT chỉ làm chủ đầu tư với phần đường sắt quốc gia trong khu tổ hợp ga Ngọc Hồi, các hạng mục còn lại thuộc tuyến đường sắt đô thị Ngọc Hồi – Yên Viên (gồm cả phần đường sắt đô thị tại ga Ngọc Hồi) giao nhiệm vụ chủ quản đầu tư cho UBND TP.Hà Nội.
Vào năm 2014, chính việc triển khai dự án đường sắt Yên Viên - Ngọc Hồi đã khiến một số lãnh đạo ngành đường sắt bị xử lý hình sự vì nhận hối lộ từ Công ty tư vấn Nhật Bản JTC, để công ty này dành được hợp đồng tư vấn cho dự án. Số tiền được phía lãnh đạo JTC khai khoảng 16 tỷ đồng.
Dự án đường sắt đô thị tuyến Ngọc Hồi - Yên Viên được Thủ tướng phê duyệt chủ trương đầu tư năm 2002. Tuyến đường sắt dài 28,7km, đường đôi khổ lồng khổ 1.000mm và 1.435mm, tổng mức đầu tư là 9.197 tỷ đồng. Hiện được tính lên khoảng 81.537 tỷ đồng. Với vốn vay ODA của Nhật Bản. Dù tiến độ được cập nhật mới nhất là thực hiện vào năm 2017 và hoàn thành vào năm 2024. Tuy nhiên, đến nay dự án vẫn chưa được khởi công.
Liên quan tới tiến độ tổ hợp ga Ngọc Hồi, trả lời kiến nghị cử tri Hà Nội mới đây, Bộ GTVT cho biết, dự án chậm tiến độ do ảnh hưởng bới vụ án Tư vấn Nhật Bản JTC đưa hối lộ năm 2014. Hiện dự án mới giải phóng mặt bằng được 99ha/158,7 ha.