Tòa Cửu phẩm liên hoa trong chùa Bút Tháp cao chín tầng, với 32 bức chạm khắc tỉ mỉ và công phu. Công trình có giá trị nghệ thuật và bao hàm nhiều nội dung trong giáo lý của Phật giáo.
Tòa Cửu phẩm liên hoa (còn được gọi Cối kinh) được đặt chính giữa trong Tích thiện am của chùa Bút Tháp. Tòa tháp được kết cấu theo kiểu chồng diềm với hàng cột ở giữa cao to, chạy suốt từ tầng 1 lên tầng 3, các vỉ kèo được làm theo kiểu chồng rường, những đầu đao của 3 tầng mái cong vút.
Tòa Cửu Phẩm Liên hoa có hình bát giác, cao 7,8m, xếp 9 tầng theo kiểu tòa sen, thể hiện 9 kiếp tu của đức Thích Ca Mâu Ni. Chín tầng Cối kinh tạc hàng trăm tượng Phật, hoa lá, chim muông, tập trung chủ đề khuyến thiện trừ ác, giới thiệu hành trang các vị tổ Thiền tông, các đại sư, các cấp độ thăng hoa trên đường lên cõi Niết bàn.
Tòa Cửu phẩm liên hoa là tháp gỗ 8 mặt được đỡ bởi các hàng chấn song làm bằng con tiện. Tám mặt của 9 tầng có gắn phù điêu mang biểu tượng của Phật giáo.
Trên tất cả các mặt của tòa Cửu phẩm liên hoa có chạm các bức phù điêu về lịch sử Phật giáo như: Điểu thụ diễn pháp, Thất trùng bảo thụ, Hoa tạng thế giới, Sa bà thế giới, Thất bảo liên trì, Thích ca thuyết pháp, Kim địa lạc hoa, Tín thụ tác lễ...
Tòa Cửu phẩm liên hoa được đục chạm tinh xảo, sắp xếp hoàn hảo người vật và nằm trong địa bàn phát triển của dòng thiền Trúc Lâm Yên Tử. Tháp mang ý nghĩa cửu phẩm vãng sinh về thế giới cực lạc của đức Phật A Di Đà. Theo nghi thức Phật pháp Mật tông nguồn gốc Tây Tạng, tháp quay có mục đích nhân lời tụng lên nhiều lần, từ đó con người càng chóng chứng quả Phật pháp hơn.
Các bức chạm khắc được phân chia như sau: Tầng một: Hoa tàng thế giới, Sa bà thế giới. Tầng hai: A-nan kết tập, Di Đà thuyết pháp. Tầng ba: Tín thụ tác lễ, Cực lạc thế giới. Tầng bốn: Thiền sư, Lục tổ. Tầng năm - tầng tám: Tám vị Phật, tổng cộng 32 vị. Tầng chín: 4 tượng Di Đà và hai hàng chữ : Cửu phẩm liên hoa, A Di Dà Phật.
Hiện nay, Cửu phẩm liên hoa, bộ tượng Phật Tam thế và Hương án là ba hiện vật của chùa Bút Tháp được công nhận là bảo vật quốc gia.
Chùa Bút Tháp, tên chữ là Ninh Phúc tự, được biết đến là một trong những danh lam cổ tự đẹp nhất ở vùng đồng bằng châu thổ Bắc Bộ, vẫn bảo tồn được tương đối nguyên vẹn cho đến ngày nay. Chùa Bút Tháp được xây dựng từ khoảng thế kỷ 14, với diện tích khoảng 10.000m2.