Điều này đã làm ảnh hưởng không nhỏ đến trật tự an toàn giao thông đường thủy, nhất là ở khu vực TP. Hồ Chí Minh và một số cảng, bến nằm rải rác ở các tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long.
Tính đến tháng 10/2008, khu vực phía Nam có tổng cộng 2.307 cảng, bến thủy nội địa do cảng vụ đường thủy nội địa trung ương quản lý (cả nước là gần 4.000 cảng, bến).
Trong đó, số được cấp phép là 2.103 cảng, bến; chỉ có 936 cảng, bến trực tiếp quản lý được và có thu phí mới; còn lại 204 cảng, bến chưa được cấp phép.
Ngoài ra, trên địa bàn các tỉnh phía Nam còn có hơn 1.600 bến khách ngang sông do địa phương quản lý, trong đó diện cấp phép là 1.200 bến, còn lại hoạt động không phép.
Theo Cục Đường thủy nội địa, các cảng, bến hoạt động không phép còn gây khó khăn cho công tác quản lý của các cảng vụ do nằm rải rác và xen kẽ với các cảng, bến hoạt động có phép.
Ông Cao Kim Phụng - Phó Cục trưởng Cục Đường thủy nội địa - nhận xét: Các cảng, bến trên địa bàn các tỉnh, thành phía Nam rất phân tán, được lập một cách tùy tiện và tự phát ở bất kỳ địa điểm nào thuận tiện cho việc vận chuyển, bốc dỡ hàng hóa, đưa đón khách.
Các hoạt động bốc xếp hàng hóa cũng như việc các tàu khách thường ghé rước khách dọc đường tạo nên hàng loạt các bến khách ảnh hưởng rất lớn đến trật tự giao thông đường thủy trên địa bàn.
Trong thời gian tới, các cảng vụ đường thủy nội địa khu vực phía Nam sẽ đẩy mạnh và nâng chất lượng công tác thụ lý, xét duyệt hồ sơ công bố cảng và cấp phép hoạt động bến thủy nội địa; đồng thời tăng cường kiểm tra, giải tỏa những cảng, bến hoạt động không phép, vi phạm hành lang bảo vệ công trình giao thông và các khu vực cấm, xử lý nghiêm các phương tiện không đủ điều kiện theo quy định.