Tại dự thảo này Bộ GTVT đã đề xuất phương án xử lý đối với các trạm thu phí đường bộ khi tiến hành việc thu phí qua xăng dầu là: Duy trì trạm thu phí để hoàn vốn đầu tư dự án BOT đến khi hết thời hạn hợp đồng của dự án BOT. Các trạm thu phí còn lại sẽ tiến hành dừng thu kể từ ngày 1-7-2011.
Điều đáng lưu ý là tại dự thảo lần này, Bộ GTVT đã đề xuất thêm phương án 3 được cho là dung hòa giữa hai phương án đề xuất ban đầu là thu phí qua xăng dầu và thu phí qua đầu phương tiện khi đăng ký, đăng kiểm.
Theo giải trình của Ban soạn thảo, phương án này muốn tạo ra một sự dung hòa, tận dụng các ưu điểm và hạn chế của 2 phương án ban đầu. Số tiền dự kiến thu một năm từ phương tiện tham gia giao thông đường bộ sử dụng dầu diezel sẽ đạt khoảng gần 3.000 tỷ đồng. Tính chung theo phương án này, tổng số thu của Quỹ đạt khoảng 5.929 tỷ đồng/năm.
Theo Ban soạn thảo, phương án này sẽ tạo ra sự tiện lợi khi phương tiện tham gia giao thông (không phải dừng lại để mua phí tại các trạm), tính đơn giản trong việc tổ chức thu phí, tính công bằng giữa các đối tượng phải nộp phí.
Không những thế, phương án này sẽ tiết kiệm rất nhiều chi phí cho việc tổ chức thu phí sử dụng đường bộ. Bộ GTVT cũng cho rằng phương án này là khả thi hơn cả.