Tại hội nghị, Phó Thủ tướng Vương Đình Huệ đánh giá, hệ thống hạ tầng giao thông vận tải của vùng còn nhiều bất cập, mất cân đối và đầu tư thiếu đồng bộ từ cảng biển đến kho bãi đã làm ảnh hưởng đến sự phát triển kinh tế của vùng. Cụ thể, 80% lượng hàng hóa của ĐBSCL muốn xuất khẩu ra nước ngoài phải trung chuyển lên TPHCM, chủ yếu bằng đường bộ. Vì thế, dẫn đến tăng áp lực đường bộ, tăng chi phí sản xuất và giảm sức cạnh tranh. Tỷ trọng đầu tư vào vùng chỉ khoảng 16% và lưu lượng vận tải thấp nên nhà đầu tư không mặn mà. Về lâu dài phải nghiên cứu xây dựng cảng biển nước sâu để tạo lối ra cho hàng hóa xuất khẩu và vươn ra quốc tế. Phó Thủ tướng đề nghị các bộ ngành nghiên cứu phương án xây dựng cảng nước sâu, trong đó có cảng Hòn Khoai tại Cà Mau.
Viện Chiến lược và Phát triển GTVT (Bộ GTVT) cho biết, giai đoạn 2016- 2020 toàn vùng dự kiến xây mới 78 dự án với tổng nhu cầu vốn là 91.581 tỷ đồng. Trong đó, vốn nhà nước 28.012 tỷ đồng, vốn xã hội hóa 33.386 tỷ đồng và vốn ODA trên 30.000 tỷ đồng.