Thủ tướng quyết định kỷ luật bằng hình thức cảnh cáo đối với ông Huỳnh Quang Hải do có vi phạm quy định về những điều đảng viên không được làm và các quy định của Đảng về trách nhiệm nêu gương của cán bộ, đảng viên, nhất là cán bộ lãnh đạo chủ chốt và Ủy ban Kiểm tra Trung ương đã thi hành kỷ luật tại Quyết định số 1190-QĐ/UBKTTW ngày 6/6/2019.
Trước đó, tại kỳ họp thứ 36, Ủy ban Kiểm tra Trung ương đã xem xét, thi hành kỷ luật ông Huỳnh Quang Hải bằng hình thức cảnh cáo. Theo UBKT T.Ư, ông Huỳnh Quang Hải đã chấp hành không nghiêm nguyên tắc tổ chức, sinh hoạt đảng; vi phạm phẩm chất đạo đức, lối sống và các quy định của Đảng về những điều đảng viên không được làm, về trách nhiệm nêu gương của cán bộ, đảng viên, nhất là cán bộ lãnh đạo chủ chốt, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng và Bộ Tài chính.