Nguồn tài chính của Quỹ do sự đóng góp của các tổ chức cá nhân, doanh nhân Nhật Bản và Việt Nam (chủ yếu là sự đóng góp từ Nhật Bản).
Trong tương lai, Quỹ sẽ không giới hạn quốc tịch của tổ chức cá nhân tài trợ. Mục đích của Quỹ là hỗ trợ cho HS, SV, NCS VN tài năng và cho SV nghèo vượt khó sang Nhật Bản học tập.
Quỹ cũng hỗ trợ cho GV, SV Nhật Bản sang học tập, giảng dạy tại các trường ĐH của Việt Nam, đồng thời hỗ trợ chuyển giao công nghệ của Nhật Bản cho Việt Nam.