Theo báo cáo thẩm tra dự thảo, đa số ý kiến đề nghị quy định thống nhất một đầu mối quản lý nợ công. Cũng có ý kiến khác thống nhất một đầu mối nhưng cân nhắc không nên thay đổi đầu mối đàm phán với các tổ chức quốc tế… Về việc này, Chính phủ lại đề nghị giữ nguyên nhiệm vụ, quyền hạn và trách nhiệm của Bộ Tài chính, Bộ KH&ĐT và Ngân hàng NN như quy định hiện hành, nhằm bảo đảm ổn định bộ máy, không gây xáo trộn về tổ chức, chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan và không phải điều chỉnh các luật có liên quan.
Tuy nhiên, đa số ý kiến các thành viên của Ủy ban Tài chính ngân sách của Quốc hội lại đề nghị quy định thống nhất đầu mối trong quản lý nợ công nhằm đáp ứng yêu cầu đổi mới, cải cách bộ máy hành chính theo hướng tinh gọn, hiệu quả trên nguyên tắc một việc chỉ giao cho một cơ quan, một người chịu trách nhiệm chính.
Phó Chủ tịch Quốc hội Tòng Thị Phóng cho rằng, Chính phủ cần giải thích rõ hơn việc thực hiện Nghị quyết 07 của Bộ Chính trị về cơ cấu lại ngân sách nhà nước và quản lý nợ công đã đặt ra yêu cầu cần tập trung thống nhất trong quản lý nợ công, nhằm sớm khắc phục tình trạng quản lý đầu tư công, nợ công còn chồng chéo. Đặc biệt việc ban hành luật lần này cần gắn với Nghị quyết Trung ương 6 sắp tới về sắp xếp bộ máy, trong đó có thu gọn đầu mối, xác định rõ trách nhiệm.
Trước nhiều ý kiến khác nhau, Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân yêu cầu, Chính phủ đánh giá lại việc triển khai Nghị quyết 07 của Bộ chính trị, rồi gắn với đề án sắp tới trình Trung ương 6 ra sao? Đồng thời gắn với việc giám sát bộ máy hành chính Nhà nước trong thời gian qua như thế nào? “Tất cả phải vì lợi ích chung của đất nước chứ không vì Bộ ngành nào cả”, bà Ngân nhấn mạnh.