Vụ án có 27 bị cáo, gồm hai người ở Cty Phương Nam và 25 quan chức 5 ngân hàng. Án sơ thẩm phạt hai người ở Cty Phương Nam 12 và 14 năm tù, bồi thường cho các ngân hàng 679 tỷ đồng, còn các quan chức ngân hàng mỗi người từ 2 đến 7 năm tù. Nhiều bị cáo kháng án, đề nghị đổi tội danh và giảm hình phạt.
Án phúc thẩm y án sơ thẩm 12 và 14 năm tù với hai người ở Cty Phương Nam, tuy nhiên không phải bồi thường 679 tỷ đồng. Bởi cho rằng, số tiền này do cha con Chủ tịch HĐQT Cty Phương Nam trước đây là ông Lâm Ngọc Khuân (hiện ở Mỹ, đang bị truy nã) lừa đảo ngân hàng để chiếm đoạt, “sẽ được giải quyết trong vụ án Lâm Ngọc Khuân và đồng bọn”. Với 22 bị cáo nguyên quan chức ngân hàng có kháng cáo, án phúc thẩm tăng hình phạt với 14 người, mỗi người từ 1-3 năm tù.
Bản án phúc thẩm kiến nghị Chánh án TANDTC xem xét giám đốc thẩm hủy một phần án sơ thẩm để xử lại theo hướng tăng hình phạt với một số người không kháng cáo sơ thẩm. Đó là ông Nguyễn Thế Thắng, Nguyễn Văn Xem (nguyên GĐ, PGĐ Ngân hàng Phát triển Việt Nam chi nhánh Sóc Trăng) và thuộc cấp Trần Văn Nhã. Án phúc thẩm cũng đề nghị Cơ quan CSĐT Bộ Công an và VKSNDTC xem xét trách nhiệm của Ngân hàng Phát triển Việt Nam với trên 242 tỷ đồng không thu hồi được.