So với bản án sơ thẩm, ông Sỹ bị tăng mức hình phạt tù gấp đôi.
Đồng phạm trong vụ án "Lợi dụng chức vụ và quyền hạn khi thi hành công vụ" tại BQLDA Đông – Tây và Môi trường nước TPHCM là ông Lê Quả - nguyên Phó BQLDA cũng bị tăng mức án 5 năm tù giam.
Theo Hội đồng Xét xử, từ tháng 8 - 2001 đến 11 - 2002, được sự chỉ đạo của ông Huỳnh Ngọc Sỹ, ông Lê Quả đã ký hợp đồng cho PCI (Cty tư vấn quốc tế Thái Bình Dương) thuê một phần diện tích của trụ sở BQLDA tại địa chỉ số 3 Nguyễn Thị Diệu, quận 3, TPHCM làm nơi làm việc.
Tổng cộng, PCI đưa cho ông Lê Quả 80.000 USD (khoảng 1,2 tỷ đồng). Số tiền này, được chia chác cho hai bị cáo và 87 cán bộ, công nhân viên ở BQLDA.
Theo tòa, hành vi này của các bị cáo đã phạm vào tội "Lợi dụng chức vụ và quyền hạn khi thi hành công vụ" trong trường hợp gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng.
Ngoài việc gây thiệt hại 1,2 tỷ đồng cho nhà nước, hai ông còn làm giảm lòng tin của nhân dân, gây dư luận xấu tại Nhật Bản và Việt Nam... Do đó, cấp sơ thẩm chỉ xác định thiệt hại về vật chất mà không xác định thiệt hại về tinh thần là chưa chính xác.
Theo đó, tòa phúc thẩm đã tuyên sửa bản án, tuyên phạt các bị cáo mức án cao hơn như trên.