Theo nội dung bản án, trong việc quản lý tài sản Nhà nước và chuyển giao quyền thu phí cao tốc TP HCM - Trung Lương. Tháng 2/2012, sau khi Thủ tướng có văn bản đồng ý chủ trương cho bán quyền thu phí, ông Đinh La Thăng (lúc này là Bộ trưởng Bộ GTVT) đã điện thoại chỉ đạo Dương Tuấn Minh (Tổng giám đốc Tổng Cty Cửu Long) để ông Đinh Ngọc Hệ (cựu Phó Tổng giám đốc Tổng Cty Thái Sơn) mua được quyền thu phí.
Ông Đinh La Thăng đã ký quyết định về việc thành lập Hội đồng bán đấu giá quyền thu phí và Tổ thường trực giúp việc Hội đồng, giao Thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường làm Chủ tịch. Ông Thăng biết việc bán đấu giá không thực hiện đúng quy định của pháp luật, để cho Cty Yên Khánh của ông Hệ trúng thầu theo ý định ban đầu của mình.
Ngoài ra, ông Thăng còn bút phê đề xuất để cho Cty Yên Khánh làm nhà đầu tư xây dựng bổ sung hai nút giao thông trên tuyến nối Tân Tạo - Chợ Đệm và đề nghị cho công ty này cấn trừ vào tiền phải thanh toán theo hợp đồng mua quyền thu phí dẫn đến việc doanh nghiệp tiếp tục không thanh toán đúng theo quy định.
Hành vi sai phạm của ông Thăng đã giúp ông Hệ chiếm đoạt, hưởng lợi tổng cộng 725 tỷ đồng của Nhà nước.
Theo HĐXX, ông Đinh La Thăng với vai trò là người đứng đầu Bộ GTVT, nắm rõ quy định pháp luật, nắm rõ quy định bán tài sản Nhà nước. Nhưng do quen biết Hệ, bị cáo đã tác động để Hệ mua được quyền thu phí. Hành vi của bị cáo Đinh La Thăng và các đồng phạm tại Bộ GTVT đã tạo điều kiện để ông Đinh Ngọc Hệ chiếm đoạt trót lọt 725 tỷ đồng của Nhà nước. Ông Thăng phải chịu trách nhiệm chính trong vụ án.
HĐXX tuyên phạt ông Đinh La Thăng 10 năm tù, với tội danh “Vi phạm quy định về sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí”, theo khoản 3, Điều 219 Bộ luật hình sự. Do ông Thăng đang mang trong mình 2 bản án 30 năm tù trước khi nhận bản án này, nên bản án mà tòa vừa tuyên tổng hợp hình phạt chung của ông Đinh La Thăng là 30 năm tù (mức án có thời hạn cao nhất theo quy định).
Cựu thứ trưởng Bộ GTVT – bị cáo Nguyễn Hồng Trường, bị phạt 4 năm 6 tháng tù. Theo HĐXX, xuất phát từ động cơ nể nang trong quan hệ giữa cấp trên và cấp dưới, nên ông Trường đã có hành vi sai phạm trong việc chỉ đạo cho đơn vị trúng thầu nộp tiền 3 lần trái quy định, ký quyết định phê duyệt giá thời khởi điểm giá quyền thu phí mà không thành lập Hội đồng định giá, ký quyết định ban hành quy chế bán đấu giá, quyền thu phí trong đó cho phép Hội đồng bán chỉ định khi chỉ có 1 người tham gia đấu giá, ký văn bản thông báo Cty Yên Khánh và Cty Khánh An của Đinh Ngọc Hệ đủ điều kiện tham gia đấu giá, từ đó dẫn đến hậu quả Cty Yên Khánh của Đinh Ngọc Hệ không đủ năng lực tài chính đấu giá và trúng đấu giá...
Ông Đinh Ngọc Hệ theo HĐXX là đã lợi dụng mối quan hệ với ông Thăng, do có ý định chiếm đoạt tài sản Nhà nước nên ông Hệ dùng thủ đoạn đăng ký 2 công ty của mình là Yên Khánh và Khánh An tham gia đấu giá, làm giả hồ sơ năng lực. Khi diễn ra đấu giá, ông Hệ chỉ cho một công ty tham gia để chắc chắn mua được quyền thu phí cao tốc. Hành vi của ông Hệ là "hành vi xảo quyệt, tinh vi để qua mặt cơ quan chức năng". Ngoài ra ông Hệ còn chỉ đạo nhân viên sử dụng phần mềm, sử dụng công nghệ cao nhằm chiếm đoạt tài sản Nhà nước.
Bản án tuyên ông Đinh Ngọc Hệ tù chung thân tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”; 13 năm tù tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi”. Tổng hợp hình phạt là tù chung thân. Buộc ông Đinh Ngọc Hệ bồi thường 725 tỷ đồng và 3,4 tỷ đồng trong vụ mua căn biệt thự Cty Licogi 13.
Cựu Thứ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Hồng Trường
Các bị cáo còn lại bị tuyên phạt, nhóm tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí", bị cáo Dương Tuấn Minh (cựu Tổng giám đốc Tổng Cty Cửu Long) 4 năm tù. Dương Thị Trâm Anh (cựu Phó Tổng giám đốc Tổng Cty Cửu Long) 3 năm 6 thang tù. Nguyễn Chí Thành (cựu quyền Vụ trưởng Vụ Tài chính Bộ GTVT) 3 năm tù. Lê Trung Cường (cựu chuyên viên Vụ tài chính Bộ GTVT) 3 năm tù. Nguyễn Thị Thu Trang (cựu phó Phòng đầu tư và quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long) 2 năm tù.
Các bị cáo Phạm Văn Diệt (cựu Tổng giám đốc Cty Đức Bình) 10 năm tù, tổng hợp hình phạt với bản án trước đó , buộc bị cáo Diệt phải chấp hành bản án 24 năm tù. Tô Phước Hùng (cựu Kế toán trưởng Cty Yên Khánh) 9 năm tù. Vũ Thị Hoan (cựu Giám đốc Cty Yên Khánh) 7 năm tù, tổng hợp hình phạt với bản án trc đó là 14 năm tù. Phạm Tấn Hoàng (cựu Phó phòng kế toán Cty Yên Khánh) 6 năm tù. Trần Văn Miền (cựu Phó giám đốc Cty Yên Khánh) 7 năm tù. Nguyễn Thị Kim Huệ (cựu Kế toán Cty Yên Khánh) 5 năm tù Ngô Bá Thắng (cựu Giám đốc Cty Yên Khánh) 5 năm tù. Nguyễn Xuân Hiền (cựu giám đốc Cty Xuân Phi) 6 năm tù. Hoàng Tô Hạnh Vân (cựu Phó giám đốc Cty Xuân Phi) 3 năm tù (cho hưởng án treo). Đinh Thị Chung (cựu Kế toán Cty Yên Khánh) 2 năm tù (cho hưởng án treo). Tạ Đức Minh (thủ quỹ Cty Yên Khánh) 2 năm tù (cho hưởng án treo). Lê Thị Những (cựu nhân viên Cty Đức Bình) 2 năm tù (cho hưởng án treo) – cùng tội danh “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”.