Điều tra viên chính vụ án Huỳnh Văn Nén là nguyên đại úy Cao Văn Hùng, cũng là điều tra viên chính vụ án vườn điều, được khen thưởng do thành tích trong hai vụ án này.
Năm 2002, ông Cao Văn Hùng được giao thụ lý vụ án tổ chức sử dụng trái phép chất ma túy, trong đó có bị can Võ Ngọc Phương. Gia đình Phương đã nhờ một phụ nữ là Hoàng Hữu Hạnh tiếp cận ông Hùng. Từ thông tin ông Hùng “rỉ tai” cho Hạnh, Võ Ngọc Phương đã bỏ trốn khỏi nơi cư trú khi có lệnh bắt (báo CAND ngày 6/3/2002)…
Bị loại khỏi ngành Công an, ông Cao Văn Hùng làm nhân viên Hạt Kiểm lâm Hàm Thuận Bắc (Bình Thuận). Năm 2014, ông Hùng xin gia nhập Đoàn Luật sư tỉnh Bình Thuận, nhưng không được. Ông Hùng lại xin vào Đoàn Luật sư Hà Nội. Biết tin này, nhiều người bị oan trong vụ án vườn điều phản ứng quyết liệt, khiến ông Cao Văn Hùng rút đơn xin gia nhập Đoàn Luật sư Hà Nội.
Thượng tá Đinh Kỳ Đáp, nguyên Phó Thủ trưởng Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Bình Thuận, từng là thành viên ban chuyên án vụ bà Lê Thị Bông (vụ án Huỳnh Văn Nén) và vụ án vườn điều.
Cuối năm 2006, ông Đinh Kỳ Đáp bị Ban Thường vụ Đảng ủy Công an tỉnh Bình Thuận cảnh cáo về mặt Đảng do đã thiếu kiểm tra, đôn đốc trong quá trình chỉ đạo điều tra về hoạt động của băng nhóm tội phạm Hai Chi ở huyện Hàm Tân, để băng Hai Chi lộng hành trong thời gian dài ở Hàm Tân, gây hoang mang, bức xúc trong dư luận. Sau đó, ông Đinh Kỳ Đáp phải nghỉ hưu trước niên hạn.
Phúc cung vụ Huỳnh Văn Nén là kiểm sát viên sơ cấp Đinh Văn Lai. Hiện nay ông Đinh Văn Lai đã chuyển từ VKSND tỉnh Bình Thuận về VKSND thành phố Phan Thiết.
Người ký cáo trạng truy tố ông Huỳnh Văn Nén là bà Nguyễn Thị Dung, Phó Viện trưởng VKSND tỉnh Bình Thuận. Sau này, bà Dung làm Viện trưởng VKSND tỉnh Bình Thuận, rồi nghỉ hưu theo chế độ.
Kiểm sát viên giữ quyền công tố tại phiên tòa sơ thẩm vụ án Huỳnh Văn Nén ngày 31/8/2000 là kiểm sát viên trung cấp Vũ Hồ Thành. Ông Thành vẫn đang làm việc tại VKSND tỉnh Bình Thuận.
Chủ tọa phiên tòa sơ thẩm vụ án Huỳnh Văn Nén là thẩm phán Nguyễn Thành Tâm. Thẩm phán Nguyễn Thành Tâm hiện là Phó Chánh án Tòa Hình sự, TAND tỉnh Bình Thuận.
Thẩm phán thứ hai trong phiên tòa sơ thẩm là bà Nguyễn Thị Lộc. Thẩm phán Nguyễn Thị Lộc đang là thẩm phán Tòa Dân sự, TAND tỉnh Bình Thuận.