Theo Quyết định 214/QĐ-TTg và 1468/QĐ-TTg năm 2015 của Thủ tướng, tới năm 2030, xây dựng mới tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam, trước mắt chạy tàu từ 160 - 200 km/h; tầm nhìn tới năm 2050 toàn tuyến chạy tàu tốc độ 350 km/h… Như vậy, việc khai thác tàu tốc độ 350km/h là chuyện sau năm 2050. Tuy nhiên, báo cáo tiền khả thi trình Chính phủ, tư vấn của Bộ GTVT lại khẳng định làm tuyến đường sắt mới tốc độ thiết kế 350km/h, khai thác tốc độ 320km/h trong giai đoạn 1.
Ngoài ra, phương án của Bộ GTVT về tốc độ thiết kế và khai thác tương tự dự án trình và Quốc hội đã không thông qua hồi tháng 6/2010. Sau 9 năm, vẫn còn đó những nguy cơ làm cho tính khả thi, hiệu quả đầu tư không đảm bảo và Việt Nam vẫn là nước nghèo nhất đầu tư đường sắt cao tốc, xét theo thu nhập đầu người.
Cùng đó, các nước làm đường sắt cao tốc khi tuyến đường sắt cũ đã hoàn chỉnh cơ bản đáp ứng yêu cầu về vận chuyển hành khách và hàng hóa. Điển hình Nhật Bản, tuyến đường sắt khổ 1,067 m của họ được đầu tư hoàn chỉnh và hiện đại, đường đôi, tốc độ 140km/h, kết hợp chở khách và chở hàng, sau đó mới đầu tư thêm đường sắt cao tốc (Shinkansen chỉ chở khách). Trong khi đường sắt của ta hiện vẫn chỉ có như từ thế kỉ 19, đường ngang “băm nát”, tai nạn và mưa lũ rình rập, nhiều
nút thắt…
Về phương án tài chính, theo báo cáo của Bộ GTVT trình Thủ tướng, tổng mức đầu tư dự án là 58,7 tỷ USD (tăng hơn 2,8 tỷ USD so với dự án trình Quốc hội năm 2010, theo nhiều chuyên gia, con số này chưa đủ để bù trượt giá sau 9 năm). Để giữ tổng mức đầu tư, nhiều số liệu đã được làm nhỏ đi, như gói thiết bị điện khí hóa, thông tin tín hiệu, mua sắm các đoàn tàu và thiết bị depot tại báo cáo năm 2010 là 22,6 tỷ USD, lần này chỉ còn 14,9 tỷ USD (giảm tới 34%).
Điều đó gây lo ngại tổng mức đầu tư chưa được tính đúng, tính đủ, sau này bắt tay vào làm sẽ phải điều chỉnh tăng, như trường hợp tăng vốn nhiều lần của đường sắt đô thị. Ngay cả với tổng mức đầu tư 58,7 tỷ USD, vẫn gấp 50 lần tổng chi của ngân sách Trung ương cho đầu tư hạ tầng giao thông mỗi năm, và phải đầu tư trong 30 năm chỉ làm đường sắt.
Nếu đầu tư đường sắt cao tốc như của Bộ GTVT, nguy cơ Việt Nam mất quyền chủ động, bị phụ thuộc công nghệ và nước ngoài thâu tóm mọi hợp đồng triển khai dự án (như các dự án đường sắt đô thị). Do Việt Nam chưa có kiến thức, kinh nghiệm, tiêu chuẩn về đường sắt cao tốc. Nếu vay ODA, phải theo các điều khoản của bên cho vay.
Lựa chọn phù hợp cho Việt Nam là làm tuyến đường sắt mới tốc độ khai thác từ 160km/h đến dưới 200km/h, kết hợp chở khách vừa chở hàng, trở thành trục vận tải chủ đạo trên hành lang Bắc - Nam. Điều này tương tự các nước Bắc Âu, Bắc Mỹ đã và đang làm.