Tại mỗi hố đào khảo cổ có các cán bộ chuyên môn giám sát việc thu thập hiện vật để đánh giá.
Tại hố khảo cổ trước chùa Vạn Phước, một số gạch vỡ đã được giữ lại.
Các nhà chuyên môn đánh số thứ tự từng mẫu vật phát hiện được và cho vào bao ni lông để bảo quản.
Hố khảo cổ phía sau vườn chùa Vạn Phước.
Việc đào khảo cổ được tiến hành thủ công với cuốc, xẻng.
Khuôn viên nhà ông Nguyễn Hữu Ánh là một trong những địa điểm được chọn để đào hố thăm dò khảo cổ.
Theo ông Nguyễn Hữu Ánh, trước đây khi làm nhà, ông đã phát hiện nhiều lớp gạch cổ. Tại nơi đây, nhà nghiên cứu Nguyễn Đắc Xuân tìm thấy nhiều hiện vật mà ông cho rằng là vật liệu làm nên cung điện Đan Dương của triều Tây Sơn.
Theo PGS.TS Bùi Văn Liêm, Viện Phó Viện Khảo cổ học Việt Nam, tùy vào lớp đất của hố thăm dò mà tiến hành đào với độ sâu khác nhau. Các hố sẽ đào xuống lớp sinh thổ, lớp đất mà con người chưa có tác động vào. Chỉ đào xuống lớp đất này thì mới đánh giá được khảo cổ.
Tại 3 hố đang tiến hành đào thăm dò khảo cổ, đoàn đã thu thập được nhiều hiện vật và giữ lại để phân tích niên đại.