Theo Hiệp hội, không đánh đồng tự chủ với tự túc về nguồn lực như quan niệm hiện nay. Nhà nước không nên cắt ngân sách của các trường ĐH tự chủ mà trái lại cần tăng cường hỗ trợ ngân sách cho những trường triển khai thành công chủ trương tự chủ ĐH, xem đó như là những nơi xứng đáng được nhà nước tập trung đầu tư để nâng nhanh chất lượng của những trường này, giúp các trường sớm trở thành trường trọng điểm quốc gia.
Hiệp hội các trường ĐH-CĐ Việt Nam cũng kiến nghị không nên thực hiện tự chủ ĐH theo kiểu dàn hàng ngang cùng tiến mà cần phải có lộ trình phù hợp. Ngoài ra, nhà nước cần có nhiều mức độ tự chủ khác nhau cho các cơ sở giáo dục ĐH.
Xét về mặt pháp lý hiện chỉ mới có 23 trường ĐH công lập được quyền thí điểm thực hiện tự chủ ĐH, các trường ĐH còn lại vẫn đang được hoạt động theo cơ chế chủ quản. Do đó, trước khi triển khai đại trà tự chủ ĐH, Chính phủ nên cho định kỳ đánh giá việc thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động của 23 cơ sở giáo dục ĐH công lập theo Nghị quyết về thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động đối với các cơ sở giáo dục ĐH công lập giai đoạn 2014-2017 (Nghị quyết 77).
Hiệp hội các trường ĐH – CĐ Việt Nam cho rằng quyền tự chủ của nhà trường chỉ có thể trao cho một tập thể lãnh đạo (tức hội đồng trường), không thể trao cho cá nhân hiệu trưởng. Trường hợp ngược lại, hiệu trưởng rất dễ trở thành nhà độc tài. Do đó chỉ các trường ĐH công lập được tự chủ mới thực sự cần có hội đồng trường.
Đồng thời Hiệp hội khẳng định hoàn toàn không hợp lý khi Bộ GD&ĐT trong các năm vừa qua chỉ đạo thành lập đại trà hội đồng trường ở cả những trường còn chưa được chuyển qua cơ chế tự chủ và ở những trường mà cơ quan chủ quản còn chưa tự nguyện từ bỏ vai trò quản lý trực tiếp của mình đối với cơ sở giáo dục ĐH.
Hiệp hội chia sẻ việc xóa bỏ cơ quan chủ quản hay xóa bỏ cơ chế cơ quan chủ quản để ngăn chặn tệ nạn quản lý kiểu "xin-cho" nhằm giúp cho hội đồng trường có thực quyền nhưng không thể phủ nhận vai trò lãnh đạo cực kỳ quan trọng của các cơ quan quản lý nhà nước và của cấp ủy Đảng. Trong khi đó đối với trường ĐH tư thục, Hiệp hội cho rằng việc Luật Giáo dục ĐH 2018 và Nghị định hướng dẫn (Nghị định 99) cho nhà đầu tư có quyền lực quá lớn, thậm chí có thể dễ dàng vô hiệu hóa hội đồng trường, là điều bất cập. Do đó, cần phải nghiên cứu điều chỉnh, bổ sung để hoàn thiện các quy định cho trường ĐH tư thục.