Theo kết luận thanh tra, việc quản lý, sử dụng nguồn kinh phí ngân sách cấp năm 2017, năm 2018 của Sở Công Thương tỉnh Tây Ninh có một số khoản chi, thanh toán sai nguồn, sai chế độ, định mức chi với tổng số tiền chi sai gần 1,2 tỷ đồng. Trong đó, năm 2017 là 192 triệu đồng và năm 2018 là 946 triệu đồng là vi phạm quy định tại khoản 7 Điều 6 Luật Kế toán.
Ngoài ra, việc quản lý thu, nộp nguồn thu phí, lệ phí mà Sở Công Thương đã thu nhưng nộp ngân sách chưa đầy đủ, kịp thời. Số thu tồn chưa nộp để tại quỹ tiền mặt cuối năm 2017 là 621 triệu đồng và cuối năm 2018 là 318 triệu đồng là trái Nghị định số 57/2002/NĐ-CP ngày 03/6/2002 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Pháp lệnh về phí và lệ phí; khoản 1 Điều 7 của Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23/8/2016 của Chính phủ.
Đối với việc quản lý, sử dụng các khoản thu khác số tiền 347 triệu đồng, theo Cơ quan thanh tra là sai với quy định Điều 5 Luật Kế toán, khoản 1 Điều 13 Quyết định số 64/2007/QĐ-TTg ngày 10/5/2007 của Thủ tướng Chính phủ, trong đó quản lý, sử dụng số tiền 308 triệu đồng (nhận quà tặng – tiền không đúng quy định 210 triệu đồng, gửi tiết kiệm tiền thu phí, lệ phí được số tiền lãi 53 triệu đồng, chênh lệch quyết toán cao hơn thực tế từ lớp học vệ sinh an toàn thực phẩm là 44 triệu đồng) là hành vi có dấu hiệu của tội Lập quỹ trái phép (Điều 205), tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ (Điều 356) của Bộ Luật hình sự năm 2015. Việc này do bà Nguyễn Thị Bích Lệ, nguyên Chánh Văn phòng và bà Lữ Thị Thanh Phương, Kế toán trưởng của Sở thực hiện.
Thanh tra tỉnh đã quyết định xử lý thu hồi tiền sai phạm nộp ngân sách nhà nước, đồng thời kiến nghị Giám đốc Sở Công Thương Tây Ninh tổ chức kiểm điểm xử lý trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân; tổ chức khắc phục những thiếu sót, sai phạm; kiến nghị Giám đốc Sở Tài chính tỉnh Tây Ninh chỉ đạo chấn chỉnh đối với những thiếu sót mà kết luận thanh tra đã nêu, kiểm tra chặt chẽ trong thẩm tra quyết toán kinh phí hàng năm đối với Sở Công Thương.
Ngoài ra, KLTT cũng kiến nghị chuyển hồ sơ về hành vi có dấu hiệu của tội Lập quỹ trái phép (Điều 205), tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ (Điều 356) của Bộ Luật hình sự năm 2015, do bà Nguyễn Thị Bích Lệ và bà Lữ Thị Thanh Phương thực hiệm sang Cơ quan điều tra Công an TP Tây Ninh để điều tra theo thẩm quyền.