Theo đó, ngày 10/7, Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ra quyết định khởi tố bị can đối với ông Vũ Huy Hoàng, cựu bộ trưởng Bộ Công thương, để điều tra về tội "vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí". Đồng thời, cơ quan điều tra cũng khởi tố bị can đối với bà Hồ Thị Kim Thoa, cựu thứ trưởng Bộ Công thương, để điều tra về cùng tội danh. Ông Hoàng và bà Thoa được cho tại ngoại để phục vụ công tác điều tra.
Năm 2004, Bộ Công nghiệp có văn bản đồng ý chủ trương di dời văn phòng để đầu tư mới và sử dụng hiệu quả khu đất hơn tại khu đất 2-4-6 Hai Bà Trưng xét trên cơ sở đề nghị của Sabeco xin chủ trương đầu tư xây dựng nhà cao tầng.
Sau khi, Bộ Tài chính có văn bản trả lời UBND TP cho phép chuyển mục đích sử dụng khu đất 2-4-6 Hai Bà Trưng để xây dựng cao ốc phức hợp 45 tầng bao gồm khách sạn 6 sao, trung tâm thương mại, trung tâm hội nghị và cao ốc văn phòng cho thuê. Tháng 2/2007, Sabeco chọn Công ty cổ phần đầu tư xây dựng và phát triển công nghiệp vận tải Bình Kiên để thay thế đối tác nước ngoài là Stushing tham gia dự án, với pháp nhân mới được thành lập là Sabeco Land, vốn điều lệ 480 tỉ đồng.
Tháng 12/2007, UBND TP. HCM đã chấp thuận, giao Sabeco làm chủ đầu tư thực hiện dự án đầy tư xây dựng khu phức hợp. Và việc tính giá đất khu đất trên 6000m2 này được áp giá chuyển nhượng quyền sử dụng đất trên thị trường tại thời điểm chuyển mục đích sử dụng đất theo quy định tại điểm c, khoản 4, điều 6 của quyết định 09/2007/QĐ-TTg. Sau đó, Sabeco đã chào bán dự án khu phức hợp căn hộ thương mại, văn phòng, khách sạn 6 sao quy mô hai tòa tháp đôi cao lên đến 48 tầng.
Đến tháng 6/2013, sau khi dự án chậm triển khai thực hiện thì là Sabeco Land được giải thể dẫn đến sự ra đời của Công ty cổ phần đầu tư Sabeco Pearl vào tháng 2/2015 với vốn điều lệ khoảng 567 tỉ đồng, gồm các cổ đông: Sabeco, Công ty CP Attland, Công ty CP đầu tư thương mại và dịch vụ Hà An và Công ty CP đầu tư Mê Linh.
Tuy nhiên, sau một năm sau khi thành lập Sabeco Pearl, Sabeco bắt đầu thoái vốn bằng cách bán đấu giá hơn 14 triệu cổ phần nắm giữ cho chính các cổ đông sáng lập, thu về gần 195 tỉ đồng từ tháng 6/2016. Sau khi Sabeco thoái sạch vốn, ba cổ đông còn lại của Sabeco Pearl cũng lần lượt “thoát xác”.
Trước đó, Sabeco đề xuất phương án hợp tác đầu tư với nhóm các nhà đầu tư nói trên bằng cách góp 18% vốn đều lệ bằng tiền mặt, cộng với 8% giá trị được hưởng lợi thế từ khu đất. Đồng thời, Sabeco sẽ nhận kết quả kinh doanh tương ứng với số vốn góp bằng 26% vốn điều lệ. Các cổ đông còn lại sẽ góp vốn bằng tiền mặt và nộp tiền sử dụng khu đất khoảng 1.236 tỉ đồng trong việc thành lập tư Sabeco Pearl để thực hiện dự án.
Ngày 11/2/2015, hợp đồng hợp tác đầu tư giữa Sabeco và nhóm các nhà đầu tư chính thức được ký kết. Tổng vốn đầu tư của dự án xấp xỉ 2.423 tỉ đồng. Nhưng khi góp vốn thành lập Sabeco Pearl để thực hiện dự án, Sabeco không góp bằng quyền sử dụng đất mà bằng tiền do đối tác đồng sáng lập sẽ trả cho Sabeco dựa trên "giá trị lợi thế" của khu đất có giá trị quy đổi không thấp hơn 50 tỉ đồng.
Hàng loạt sai phạmTrước đó, tháng 11/2016, Ban Bí thư thi hành kỷ luật bằng hình thức cách chức Bí thư Ban cán sự Đảng Bộ Công thương trong thời gian 2011 - 2016 đối với ông Vũ Huy Hoàng. Theo kết luận của Ban Bí thư, ông Hoàng chịu trách nhiệm chính về những vi phạm, khuyết điểm của Ban cán sự Đảng Bộ Công thương.
Cụ thể, ông Hoàng thiếu gương mẫu, có biểu hiện vụ lợi trong việc tiếp nhận, bổ nhiệm con trai là Vũ Quang Hải làm kiểm soát viên Tổng công ty Thuốc lá Việt Nam; Quyết định điều động và đề cử ông Vũ Quang Hải tham gia hội đồng quản trị Sabeco để bầu làm thành viên hội đồng quản trị, Phó tổng giám đốc Sabeco, vi phạm quy định của Ban Chấp hành trung ương về những điều đảng viên không được làm và quy định của Ban Bí thư về trách nhiệm nêu gương của cán bộ, đảng viên, vi phạm Luật phòng chống tham nhũng, gây bức xúc trong xã hội.
Ông Vũ Huy Hoàng cũng đã chỉ đạo và thực hiện không đúng quy chế làm việc của Ban cán sự Đảng, quy định của pháp luật trong việc thẩm định, đề nghị khen thưởng Huân chương Lao động hạng ba cho ông Đặng Vũ Ngoạn - Hiệu trưởng Trường đại học Công nghiệp thực phẩm TP Hồ Chí Minh.
Ông Hoàng còn buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, đôn đốc, kiểm tra dẫn đến một số đơn vị trực thuộc Bộ Công thương thực hiện không đúng các quy định về tuyển dụng, tiếp nhận, đánh giá, bổ nhiệm, quy hoạch cán bộ theo phân cấp quản lý cán bộ, để một số cán bộ vi phạm kỷ luật, bị khởi tố, bắt tạm giam để điều tra.
Ban Bí thư xác định, các vi phạm, khuyết điểm của ông Vũ Huy Hoàng đã gây hậu quả nghiêm trọng, ảnh hưởng đến uy tín của Ban cán sự Đảng, của Bộ Công thương và cá nhân ông.
Tháng 6/2014, từ một văn bản của Bộ Công thương đồng ý chủ trương lựa chọn nhà đầu tư mới thay thế nhóm nhà đầu tư cũ bộ phận quản lý vốn nhà nước tại Sabeco ở thời điểm đó là ông Phan Đăng Tuất - chủ tịch HĐQT - đã ký báo cáo ngày 8-7-2014, đề xuất nhóm nhà đầu tư thành lập Công ty cổ phần Sabeco Pearl. Ông Vũ Huy Hoàng, khi đó là bộ trưởng Bộ Công thương, đã chấp thuận đề xuất nhóm đầu tư nhằm thành lập Sabeco Pearl.