Liên quan đến Dự án đại lộ Đông – Tây và môi trường nước TPHCM, ngày 25-9-2009, TAND TPHCM đã tuyên phạt bị cáo Huỳnh Ngọc Sỹ 3 năm tù giam về tội Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Hành vi vi phạm pháp luật của ông Sỹ được xác định liên quan đến việc chiếm dụng số tiền cho Cty Tư vấn quốc tế Thái Bình Dương (PCI, Nhật Bản) thuê trụ sở số 3 Nguyễn Thị Diệu, quận 3, TPHCM.
Ông Lê Quả, nguyên Phó giám đốc BQL dự án, lĩnh 2 năm tù giam với cùng tội danh. Sau phiên xét xử, Viện KSND TPHCM (cơ quan thực hành quyền công tố tại phiên toà sơ thẩm), lập tức có kháng nghị theo hướng tăng nặng hình phạt đối với 2 bị cáo.
Tuy nhiên, vụ án đã được xét xử sơ thẩm trên chỉ là một phần nhỏ trong nghi án đưa hối lộ hàng triệu USD của một số cựu quan chức PCI đối với ông Huỳnh Ngọc Sỹ. Đến cuối năm 2009, các cơ quan tố tụng của Việt Nam cho biết đã dịch xong 3.050 trang tài liệu liên quan đến vụ án, do cơ quan chức năng phía Nhật Bản cung cấp.
Trong cuộc tiếp xúc với báo chí đầu năm 2010, Đại tướng Lê Hồng Anh, Bộ trưởng Bộ Công an, và Thượng tướng Lê Thế Tiệm, Thứ trưởng Bộ Công an, đã khẳng định có chứng cứ để khởi tố ông Huỳnh Ngọc Sỹ về hành vi nhận hối lộ.
Trước đó, trong tháng 1 và tháng 3-2009, Tòa án quận Tokyo, Nhật Bản đã tuyên phạt tù treo đối với ông Masayoshi Taga (cựu Chủ tịch Cty PCI) và 3 cựu quan chức khác của Cty này.
Toà án Nhật Bản xác định, trong các năm 2003 và 2006, 4 bị cáo trên đã hối lộ 820.000 USD cho ông Huỳnh Ngọc Sỹ để được trúng thầu tư vấn dự án, vi phạm Luật chống cạnh tranh không lành mạnh. Mặc dù, tại một số phiên điều trần tại toà trước đó, 4 cựu quan chức này thừa nhận đã nhiều lần hối lộ ông Sỹ, với số tiền lên đến 2,6 triệu USD.
Theo một nguồn tin, bước đầu, cơ quan chức năng Việt Nam xác định, trong năm 2003, Cty PCI đã rút một số lượng lớn USD tại một ngân hàng nước ngoài có chi nhánh TPHCM, để chuyển tới cho ông Huỳnh Ngọc Sỹ. Số tiền cụ thể ông Sỹ đã nhận hối lộ của một số cựu quan chức PCI là bao nhiêu, đang được Cơ quan CSĐT Bộ Công an khẩn trương làm rõ.