Theo thiết kế, dự án được triển khai qua ba giai đoạn. Từ 2009 đến 2010, sẽ nạo vét 14 triệu m3 bùn đến độ sâu 9,5m, cho phép tàu trọng tải từ 30.000- 50.000 tấn (tàu container) cập cảng; Giai đoạn 2012 đến 2013, nạo vét 15,5 triệu m3 bùn đạt đến độ sâu 11m, cho phép tàu trọng tải 50.000 - 70.000 tấn cập cảng.
Sau năm 2015, sẽ tiếp tục nạo vét bổ sung đến độ sâu 12m, cho phép tàu trọng tải 70.000 tấn cập cảng, tăng công suất bốc dỡ hàng hóa lên 250 triệu tấn/năm.