Nhiệm vụ quan trọng nhất của ông McCone là khôi phục lại trật tự ở CIA. Tổng thống Kennedy hy vọng tài quản lý của McCone có thể ngăn CIA thất bại trong tương lai mặc dù ông McCone còn quá nhiều điều phải nắm bắt trong thế giới vốn xa lạ với ông.
Sau khi Tổng thống JFK bị ám sát ở Dallas tháng 11/1963, Tổng thống Lyndon Johnson đã giữ ông McCone nguyên vị tại CIA và ông McCone đã trở thành một nhân chứng quan trọng trước Ủy ban Warren - một ban mà Tổng thống Johnson lập ra để điều tra về vụ ám sát JFK.
Oswald (giữa) được coi là người duy nhất tham gia vụ ám sát John F.kennedy.
Ông McCone đã cam kết hợp tác tuyệt đối với Ủy ban Warren do Bộ trưởng Tư pháp Earl Warren làm chủ tịch và điều trần trước ủy ban này rằng CIA không có bằng chứng cho thấy kẻ giết Tổng thống JFK là Lee Harvey Oswald tham gia vào bất kỳ âm mưu nào trong nước cũng như ngoài nước. Trong báo cáo cuối cùng, Ủy ban Warren cũng nhất trí với nhận định của ông McCone về Oswald, coi tên này chỉ hành động một mình.
Tuy nhiên, liệu ông McCone có khai man trước Ủy ban Warren? Ông ta có giấu bí mật nào mà nếu tiết lộ có thể khiến người ta phải viết lại lịch sử vụ ám sát JFK? Ngay cả CIA bây giờ cũng sẵn sàng đặt ra những câu hỏi này. Nửa thế kỷ sau cái chết của JFK, theo một báo cáo mật viết năm 2013, tác giả là người viết sử của CIA, ông David Robarge, CIA thừa nhận rằng ông McCone và các quan chức CIA cấp cao thời đó đã đồng lõa che giấu những thông tin có thể gây bùng nổ khi điều trần trước Ủy ban Warren?
Sai sót "lành tính"
Theo báo cáo, chính ông McCone (đã qua đời năm 1991) là trung tâm của vở kịch che giấu tại CIA nhằm khiến Ủy ban Warren tập trung vào "điều mà CIA cho rằng là sự thật tốt nhất tại thời điểm đó", rằng chỉ một mình Lee Harvey Oswald đã sát hại JFK. Thông tin quan trọng nhất mà ông McCone giấu Ủy ban Warren trong cuộc điều tra năm 1964 là CIA trong nhiều năm đã ấp ủ các âm mưu ám sát lãnh tụ các quốc gia khác mà một vài trong số đó (âm mưu) khiến CIA móc ngoặc với cả mafia? Khi không biết thông tin này, Ủy ban Warren thậm chí không bao giờ có thể nghĩ đến việc hỏi xem Oswald có đồng phạm hay không hay liệu có ai đó muốn Tổng thống JFK chết để trả thù cho các âm mưu ám sát nào khác hay không?
Ông John McCone bị cáo buộc che giấu thông tin về vụ ám sát Tổng thống Jonh F. Kennedy khi là Giám đốc CIA.
Mặc dù không nghi ngờ gì về các kết quả điều tra của Ủy ban Warren nhưng báo cáo năm 2013 nói trên có tầm quan trọng vì nó gần như là một lời thừa nhận chính thức của CIA sau nửa thế kỷ, rằng cơ quan này đã mắc sai sót khi phối hợp với Ủy ban Warren. Báo cáo đánh giá rằng hành động che giấu thông tin về vụ JFK của ông McCone và một số quan chức CIA khác thời đó là "lành tính". Tuy nhiên, xét cho cùng đó cũng vẫn là hành vi bưng bít sự thật, che giấu thông tin mà nếu Ủy ban Warren biết, có thể ủy ban này đã điều tra quyết liệt hơn về các mối liên hệ của Oswald?
Ban đầu, báo cáo của ông Robarge được đóng dấu mật, không phổ biến ra ngoài CIA và với chính phủ nước ngoài. Báo cáo được đăng dưới dạng một bài báo trên tạp chí lưu hành nội bộ của CIA Studies in Intelligence hồi tháng 9/2013 để kỷ niệm 50 năm vụ ám sát Tổng thống Kennedy. Bài báo chính là một phần trong cuốn tiểu sử về McCone của tác giả Robarge viết năm 2005. Cuốn tiểu sử vẫn được coi là tài liệu mật trong khi bài báo kia đã được giải mật vào năm 2014 và hiện có trên trang web Cơ quan lưu trữ an ninh quốc gia của Đại học George Washington. CIA cho biết đã giải mật báo cáo này để bác bỏ một số liên hệ giữa CIA và vụ ám sát JFK, mà một trong số đó cho là CIA đứng đằng sau vụ ám sát?
Theo bài viết của ông Robarge, Giám đốc CIA McCone nhanh chóng tin rằng Oswald hành động một mình, không có liên quan tới bên ngoài. Ông đã ra lệnh cho CIA chỉ hỗ trợ Ủy ban Warren ở mức "thụ động, có chọn lọc, hỏi sao đáp nấy". Điều này cho thấy ông McCone trực tiếp đối diện với Ủy ban Warren và trực tiếp xử lý thông tin về quá khứ của Oswald - điều mà trước nay chưa được biết. Một quan chức CIA cấp cao bấy giờ đã nghe thấy ông McCone nói rằng ông định "tự mình trực tiếp đối diện với cả ủy ban điều tra".
Dù vậy, báo cáo không đưa ra kết luận về động cơ của ông McCone, không giải đáp câu hỏi tại sao ông ta lại tìm cách che giấu hành động mà CIA đã làm trước khi ông ta làm giám đốc cơ quan này. Tuy nhiên, báo cáo cho rằng có thể chính quyền của Tổng thống Johnson đã chỉ thị cho ông McCone che giấu thông tin? Ông McCone và chính quyền đều nhất trí tránh tiết lộ về những hành động mật mà nếu tiết lộ sẽ khiến người ta nghi ngờ CIA dính líu và có thể khiến người Mỹ đòi phản ứng mạnh hơn với thủ phạm vụ ám sát. Bài báo có câu: "Nếu Ủy ban Warren không biết phải hỏi về những hoạt động ngầm của CIA liên quan tới nước ngoài, ông McCone sẽ không gợi ý ủy ban phải điều tra ở chỗ nào".
Trong một cuộc phỏng vấn với ông David Slawson - người từng là điều tra viên trưởng của Ủy ban Warren phụ trách tìm kiếm bằng chứng về có yếu tố nước ngoài trong vụ ám sát Kennedy, ông Slwason nói rằng ông không ngạc nhiên khi biết rằng ông McCone đã che giấu quá nhiều thông tin trong quá trình ủy ban điều tra vụ ám sát năm 1964, đặc biệt là về những âm mưu ám sát lãnh tụ nước ngoài của CIA. Ông nói: "Tôi luôn cho rằng ông McCone chắc hẳn phải biết?". Ông tỏ ra tiếc khi CIA mất quá nhiều thời gian mới thừa nhận rằng ông McCone và các quan chức CIA khác đã từng che mắt Ủy ban Warren. Còn giờ đây, thế giới đã không còn quan tâm và vụ ám sát đã trở thành lịch sử.
Bí mật vẫn còn?
Một điều đáng lưu ý mà báo cáo của sử gia Robarge đã viết là ông McCone đã không tiết lộ với ủy ban điều tra một số thông tin mà nếu tiết lộ sẽ gây thêm rắc rối cho CIA, ví dụ như bằng chứng về việc CIA có thể đã liên lạc với Oswald trước năm 1963 và CIA đã bí mật giám sát thư của Oswald sau khi hắn tìm cách đào tẩu sang Liên Xô năm 1959. Thư từ của Oswald được theo dõi trong khuôn khổ chương trình theo dõi thư của CIA có mật danh HTLINGUAL - chương trình mà về sau bị coi là phạm pháp trắng trợn.
Ông McCone (phải) và Bộ trưởng Tư pháp Robert Kennedy.
Bài báo viết: "Sẽ rất ngạc nhiên nếu Giám đốc CIA lại không được báo cáo về chương trình HTLINGUAL. Nếu không thì cấp phó của ông ta đã lừa gạt ông ta. Nếu ông ta biết rằng HTLINGUAL đã theo dõi Oswald mà không báo cáo thì rõ ràng ông ta không trung thực với ủy ban điều tra". Mục đích mà ông McCone có thể không nhắc tới điều này là vì nếu nhắc đến thì sẽ bị lộ ra về HTLINGUAL - chương trình tối mật của CIA - và sẽ làm nảy sinh nhiều tranh cãi hơn nữa.
Những năm 70, khi các cuộc điều tra của Quốc hội Mỹ vạch ra các âm mưu của CIA về ám sát lãnh tụ nước ngoài, các thành viên của Ủy ban Warren vô cùng tức giận vì họ không hay biết gì về thông tin này năm 1964. Họ khẳng định nếu được biết, Ủy ban Warren sẽ điều tra mạnh tay hơn trong xác định xem âm mưu ám sát JFK có liên quan tới hay có thể là hệ quả các hoạt động đó hay không? Dù vậy, các thành viên của Ủy ban Warren ngày nay vẫn cho rằng Oswald là tay súng duy nhất tham gia vụ ám sát Tổng thống JFK ở Dallas. Các chuyên gia đạn đạo học cũng đồng ý với nhận định này sau khi nghiên cứu bằng chứng.
Trong cuộc điều trần trước Quốc hội Mỹ năm 1978, McCone tuyên bố rằng ông không thể tiết lộ với Ủy ban Warren năm 1964 vì ông không biết gì tại thời điểm đó? Ông nói: "Các quan chức CIA đã giấu tôi thông tin này. Tôi không bao giờ hài lòng với lời giải thích nguyên nhân họ giấu tôi". Tuy nhiên, báo cáo của sử gia Robarge khẳng định ông McCone không trung thực vì sau này, người ta xác định chắc chắn rằng ông đã được thông báo 9 tháng trước khi ông xuất hiện trước Ủy ban Warren.
Do đó, sử gia Robarge kết luận chính CIA mới là người phải hứng chịu những chỉ trích mạnh mẽ mà dư luận bấy lâu nay thường đổ tội cho Ủy ban Warren. Dư luận cho rằng ủy ban này điều tra sơ sài về vụ ám sát Tổng thống JFK khi không làm rõ động cơ của Oswald cũng như không theo đuổi các bằng chứng cho thấy hắn ta có liên hệ với nước ngoài. Trong nhiều thập kỷ qua, khảo sát dư luận Mỹ cho thấy phần lớn người dân không tin kết quả điều tra của Ủy ban Warren và không tin Oswald hành động đơn độc. Vì sự bưng bít của ông McCone mà các thành viên ủy ban điều tra (4 người là nghị sĩ) đã bị ảnh hưởng tới toàn bộ sự nghiệp chính trị khi hứng chịu cáo buộc rằng họ che giấu thông tin về vụ ám sát.
Ngoài ra, báo cáo của sử gia Robarge cũng thu hút sự chú ý của độc giả khi nhắc đến liên hệ giữa ông McCone và ông Robert Kennedy trong những ngày sau vụ ám sát Tổng thống JFK. Sau thảm họa vụ Vịnh Con Lợn năm 1961, Tổng thống JFK đã đề nghị em trai Robert lúc bấy giờ là Bộ trưởng Tư pháp chỉ huy cuộc chiến tranh mật của Mỹ. Bạn bè và gia đình của ông Robert Kennedy sau này thừa nhận rằng ông không bao giờ hết lo sợ về cái chết của anh trai mình. Do Robert Kennedy giám sát các chương trình bí mật của CIA nên việc ông liên hệ với ông McCone sau vụ ám sát là một điều rất đặc biệt và quan trọng.
Báo cáo của ông Robarge được giải mật cho thấy CIA đang cởi mở hơn trong giải quyết những bí ẩn về vụ ám sát JFK. Tuy nhiên, có 15 chỗ trong báo cáo giải mật đã bị CIA xóa những thông tin nhạy cảm trước khi công bố. 15 chỗ bị xóa có cả tên người, có khi là cả một câu. Hành động này dường như là một lời thừa nhận rằng vẫn còn vô vàn bí mật về vụ ám sát Tổng thống JFK trong hồ sơ của CIA.