Hạm đội này gồm 7 tàu sân bay, 6 tàu sân bay hạng nhẹ, 8 thiết giáp hạm, 15 tuần dương hạm và khoảng 50 tàu khu trục. Khi gặp bão, các tàu sân bay đang tiến hành cuộc tấn công chống lại các sân bay mà Nhật kiểm soát ở Philippines còn các tàu khác đang được tiếp nhiên liệu, đặc biệt là các tàu khu trục đang gần cạn nhiên liệu.
Tàu USS Cowpens trong cơn bão Cobra ngày 18/12/1944.
Trong gió bão với vận tốc lên đến 100 dặm/h của cơn bão mang tên Cobra, hạm đội đã bị thiệt hại khá nặng nề. Ba tàu khu trục gồm Spence, Hickox và maddox gần hết xăng dầu nên khong bị ảnh hưởng bởi trọng lượng thừa và do đó tương đối ổn định. Nhưng một số tàu khu trục khác như Hull, Monaghan thuộc lớp Farragut cũ kỹ và đã được tăng thêm hơn 500 tấn vũ khí, thiết bị khiến đầu nó khá nặng.
Ba chiếc Spence, Hull và Monaghan bị đắm vì lật úp hoặc bị nước tràn vào các ống khói làm vô hiệu hóa động cơ. Vì không còn động cơ, các tàu này đã không thể kiểm soát được và đành phó thác vào lòng thương xót của gió và biển. Trong khi đó các tàu Hickox và Maddox đã bơm đầy thùng nhiên liệu của họ bằng nước biển nên có sự ổn định hơn và đã vượt qua cơn bão với thiệt hại tương đối nhỏ.
Tàu USS Maddox may mắn thoát nạn trong cơn bão này.
Còn tàu sân bay Monterey đã gần bị chìm trong ngọn lửa do chiếc máy bay của nó bị va vào vách ngăn và phát nổ. Một trong những người đã chiến đấu với đám cháy trên tàu Monterey sau này đã trở thành Tổng thống Mỹ là Gerald Ford.
Tàu USS Santa Fe nghiêng 35 độ về mạn phải trong sóng gió của cơn bão Cobra.
Nhiều tàu khác của Hạm đội 3 phải chịu đựng mức độ thiệt hại khác nhau, đặc biệt là radar và thiết bị phát thanh làm tổn hại nghiêm trọng hệ thống liên lạc của toàn hạm đội.
Một số tàu sân bay bị cháy nhà chứa máy bay và 146 chiếc máy bay đã bị thổi xuống biển. 9 tàu, trong đó gồm 1 tuần dương hạng nhẹ, 3 tàu sân bay hạng nhẹ và 2 tàu hộ tống bị thiệt hại nặng phải đưa về sửa chữa.
Thiệt hại về người lên tới 788 người thiệt mạng ở 3 con tàu bị chìm và 2 binh sỹ khác trên tàu hộ tống Anzio bị văng xuống biển.
Theo Đô đốc Chester Nimitz, sự tàn phá của cơn bão “là một đòn khiến Hạm đội 3 tê liệt hơn bất kỳ điều gì mà nó dự kiến sẽ phải chịu đựng trong những trận đánh lớn”.