Nguyên nhân được xác định do các cơ sở sản xuất tại làng nghề giấy Phong Khê và cụm công nghiệp Phú Lâm (tỉnh Bắc Ninh) ngày đêm xả thải ra sông Ngũ Huyện Khê.
Sông Ngũ Huyện Khê có tổng chiều dài 24 km, vốn là con sông cung cấp nước tưới tiêu cho các hộ dân thuộc TP Bắc Ninh, thị xã Từ Sơn, huyện Yên Phong, Tiên Du (Bắc Ninh). Từ nhiều năm trước, với chủ trương phát triển công nghiệp nhẹ, tiểu thủ công nghiệp, làng nghề của tỉnh phát triển nhanh chóng theo cấp số nhân. Tất cả nước thải được các cụm thải trực tiếp ra cống, chảy xuôi theo hệ thống mương, rãnh ra sông
Nhìn xuống sông chỉ thấy những mảng bám đen kịt được kết lại bởi cặn giấy
Cụm công nghiệp Phú Lâm nằm cách trung tâm huyện Tiên Du (Bắc Ninh) khoảng chừng hơn 3km. Khoảng 20 năm trước, nơi đây chỉ là làng nghề tự phát. Sau đó, tỉnh Bắc Ninh và huyện Tiên Du đã quy hoạch thành cụm công nghiệp Phú Lâm với khoảng gần 30 doanh nghiệp sản xuất giấy thành phẩm các loại và là điểm đen của việc xả nước thải đầu độc, nhuộm đen nước sông thẳng ra sông Ngũ Huyện Khê
Các cọc giấy thải ven đường cũng "góp mùi" cho sự ô nhiễm nơi đây
Những xe chở rác này chở và đổ một cách tích cực một lượng lớn ra dọc đường đi
Nước thải chảy lênh láng trên đường và các đống rác, cặn giấy ở nhiều nơi. Người dân rất vất vả khi đi qua con đường này đặc biệt là những ngày mưa, nước bẩn có thể dâng đến tận đầu gối
Còn những ngày nắng, có những chỗ trũng nước đen ngập đến mắt cá là chuyện bình thường
Hai bên bờ sông nhiều ống nước thải ngày đêm vô tư xả trực tiếp xuống dòng sông, có những doanh nghiệp tinh vi hơn còn lắp cả hệ thống xả ngầm dưới lòng sông. Mỗi khi xả thải nước thải tuôn chảy làm dòng nước sủi bọt trắng xóa nhưng khó mà phát hiện được điểm xả thải ở đâu ra