Với dự án đầu tư xây dựng mới hoặc nâng cấp cơ sở có công suất từ 1.000 tấn sản phẩm/năm trở lên, chủ cơ sở chế biến thủy sản thực hiện phải lập báo cáo đánh giá tác động môi trường. Những cơ sở chế biến dưới 1.000 tấn sản phẩm/năm phải lập bản cam kết bảo vệ môi trường.
Bên cạnh đó, chủ các cơ sở đang hoạt động gây ô nhiễm môi trường phải thực hiện các biện pháp cần thiết, như: di dời đến địa điểm mới theo quy hoạch, tiến hành nâng cấp nhà xưởng, cải tiến công nghệ, áp dụng công nghệ sản xuất sạch hơn, xử lý nước thải...
Thông tư cũng yêu cầu, đối với chất thải rắn, chủ cơ sở phải thu gom, phân loại tại nguồn thành các nhóm hoặc đem xử lý tiêu hủy, chôn lấp ở địa điểm quy định. Chủ cơ sở phải có biện pháp thu gom và xử lý nước thải, bảo đảm nước thải trước khi thải ra môi trường tối thiểu phải đạt các chỉ tiêu quy định theo tiêu chuẩn môi trường bắt buộc áp dụng.
Chủ cơ sở chế biến thủy sản cũng bắt buộc phải có giấy phép xả thải ra môi trường.