Trong văn bản kiến nghị gửi Thủ tướng Chính phủ, Bộ Công Thương cho biết, các kiến nghị truy thu thuế TTĐB cho giai đoạn 2012-2015 đối với Habeco đang dựa trên cách giải thích khác với quy định và khác với hướng dẫn của Tổng cục Thuế (Bộ Tài chính). Cụ thể, trong số 920,2 tỷ đồng tiền thuế TTĐB bị đề nghị truy thu, Habeco phải nộp 838,2 tỷ đồng, các đơn vị liên kết phải nộp 82 tỷ đồng.
Theo giải thích của Bộ Công Thương, trước thời điểm 1/1/2016, thuế TTĐB được thực hiện theo quy định của Luật thuế TTĐB và các văn bản quy định chi tiết bao gồm Nghị định 26 năm 2009 và Nghị định 113 năm 2011 và Thông tư 05 năm 2012. Theo đó, trường hợp cơ sở sản xuất hàng hóa chịu thuế TTĐB bán hàng qua các cơ sở kinh doanh thương mại thì giá làm căn cứ tính thuế TTĐB là giá bán chưa có thuế GTGT nhưng không thấp hơn 10% so với giá bán bình quân của cơ sở kinh doanh thương mại bán ra.
Bên cạnh đó, theo Bộ Công Thương, căn cứ vào khoản 5, Điều 5 của Thông tư 05/2012 của Bộ Tài chính thì do các công ty thương mại không phải là chủ sở hữu của nhãn hiệu bia Hà Nội nên giá tính thuế không thể là giá bán ra của các công ty thương mại. Chủ sở hữu và có quyền sử dụng duy nhất của nhãn hiệu bia Hà Nội là Habeco, do đó, giá tính thuế phải là giá bán ra của Habeco.
Tại văn bản trình Thủ tướng, Bộ Công Thương cho rằng, Habeco đã thực hiện đúng quy định của pháp luật và hướng dẫn của cơ quan chuyên ngành quản lý Nhà nước về thuế. Theo đó, việc điều chỉnh nghĩa vụ thuế theo báo cáo của Kiểm toán Nhà nước sẽ ảnh hưởng đến quyền lợi hợp pháp của cổ đông và gây khó khăn về tài chính cho doanh nghiệp do không xác định được nguồn để nộp thuế. Bộ Công Thương cũng đề nghị, trong thời gian chờ Thủ tướng xem xét và chỉ đạo giải quyết, doanh nghiệp chưa phải nộp bổ thuế TTĐB.