Ở trận gặp xứ Wales tại bán kết, Pepe dính chấn thương và không thể ra sân. Đến trận gặp Pháp, anh đã có lại thể lực tốt nhất để phục vụ đội tuyển. Sự trở lại của trung vệ 31 tuổi là một tin cực vui cho HLV Fernando Santos khi ông luôn một mực bảo vệ lối chơi phòng ngự phản công của Bồ Đào Nha. Quả nhiên, Pepe đã chơi một trận xuất sắc.
Trong bối cảnh Cristiano Ronaldo phải rời sân ở phút 25 vì chấn thương, Pepe đã trở thành thủ lĩnh tinh thần của Bồ Đào Nha, giúp các đồng đội trẻ chơi kiên cường trước Pháp, còn bản thân thì tả xung hữu đột, giúp hàng thủ đội nhà đứng vững trước sức ép nghẹt thở của đối phương. Không ngạc nhiên khi sau trận đấu, Pepe đã được UEFA bầu chọn là cầu thủ hay nhất trận và đây cũng là lần đầu tiên ở EURO 2016, anh nhận vinh dự này.
“Đây là một trận đấu khó khăn khi chúng tôi đã mất cầu thủ tốt nhất của mình. Ronaldo là tất cả niềm hy vọng của chúng tôi vì anh ấy có thể ghi bàn bất cứ lúc nào. Khi anh ấy rời sân, chúng tôi chỉ còn biết nỗ lực thi đấu vì anh ấy. Đây là chiến thắng mà chúng tôi muốn dành tặng cho Ronaldo. HLV đã có một đấu pháp đúng đắn. Chúng tôi thi đấu chắc chắn và tận dụng tốt cơ hội của mình. Để có chiến thắng lịch sử hôm nay, Bồ Đào Nha đã phải đổ máu, nước mắt và mồ hôi. Chúng tôi tự hào vì những gì mình đã làm được”, Pepe phát biểu.
Nếu như UEFA bầu chọn Pepe là cầu thủ hay nhất trận chung kết, thì theo Goal, danh hiệu này nên thuộc về Rui Patricio. Trang bóng đá trực tuyến này đã chấm thủ thành 28 tuổi 8 điểm, cao nhất trận. Trong khi đó, Patrice Evra của Pháp bị đánh giá tệ nhất khi chỉ được chấm 3,5 điểm.