Vụ án mở ra cuối năm 2011. Trong hai ngày 30 và 31/10/2014, TAND thành phố Đà Nẵng xử sơ thẩm, thấy chưa đủ căn cứ buộc tội nên trả hồ sơ để điều tra bổ sung. Tính ra đã có 3 lần điều tra bổ sung: Lần thứ nhất trước khi tòa xử, lần thứ hai vào ngày 13/3/2015 và lần này, ngày 12/10/2015.
DNTN Ngọc Hưng ở thị trấn Lao Bảo (Hướng Hóa, Quảng Trị) mua gỗ trắc từ Lào, chở về qua cửa khẩu, hai ngày sau xuất nguyên lô sang Hồng Kông (Trung Quốc). Trên đường chở gỗ xuống tàu ở cảng Đà Nẵng, một xe bị kiểm tra, phát hiện có lẫn gỗ giáng hương. Cục Điều tra chống buôn lậu của Tổng cục Hải quan khởi tố vụ án, chuyển hồ sơ cho Cơ quan CSĐT (C46) Bộ Công an. Lúc đó, trong các ngành đã tranh luận, có hành vi buôn lậu hay không? Bởi gỗ trắc không cấm nhập và xuất khẩu, ở đây lại nhập và xuất nguyên lô. Sau hơn hai tháng điều tra, C46 có công văn kết luận: “Chưa đủ yếu tố cấu thành tội buôn lậu” và trả hồ sơ về Tổng cục Hải quan. Nhưng hồ sơ lại vòng sang C44.
Ông Trương Huy Liệu và vợ Trần Thị Dung là chủ DNTN Ngọc Hưng liên tục khiếu nại. Ông Liệu giải thích, lô gỗ 535,8 m3, trong lúc gỗ giáng hương chỉ 23,828 m3 “là do gỗ nhỏ, lẫn trong lượng gỗ trắc quá lớn, tôi không phát hiện ra nên khai gỗ trắc”. Hơn nữa, giá gỗ giáng hương thấp hơn gỗ trắc, nên khi đóng thuế nhập khẩu gỗ trắc là đã đóng thuế cao hơn tiền thuế lẽ ra phải đóng, nên không gây thiệt hại cho nhà nước.
Bản kết luận điều tra bổ sung lần thứ ba còn cho rằng, DNTN Ngọc Hưng nhập 614,672 m3 gỗ, khai 535,8 m3 là thiếu. Việc khai thiếu dẫn đến thiếu thuế nhập khẩu và thuế xuất khẩu. Khối lượng gỗ của điều tra, căn cứ “Bản kết luận giám định” số 783/STTNSV ngày 26/11/2012 của Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật thuộc Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam.
Thế nhưng, Kết luận điều tra bổ sung lần ba cũng thừa nhận: “Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam, Bộ NN&PTNT chưa có đề nghị Bộ Tư pháp lập và công bố danh sách người giám định tư pháp theo vụ việc đối với Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật”. Nghĩa là, trong vụ này, Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật chưa được giao nhiệm vụ giám định tư pháp, người tham gia giám định không có tư cách pháp nhân về giám định tư pháp!
Kết luận điều tra cho rằng, việc không tuân thủ Pháp lệnh về giám định tư pháp “không ảnh hưởng đến kết quả giám định”, bởi vì “Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật, Kiểm lâm vùng II - Cục Kiểm lâm là cơ quan khoa học, cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành, có tư cách pháp nhân độc lập, có đội ngũ chuyên gia có trình độ cao, có đội ngũ kỹ sư, chuyên viên có kinh nghiệm”.
Một chuyên gia pháp luật cho biết nếu không tuân thủ quy định của pháp luật thì bản giám định của Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật ở vụ án này “không có giá trị pháp lý”. Hơn nữa, theo vị chuyên gia trên phương pháp giám định của Viện này cũng sai, đã cân gỗ để quy ra khối lượng. Trong lúc, Thông tư 01, ngày 4/1/2012, của Bộ NN&PTNT quy định: “Chỉ được đo (kể cả đo theo đơn vị ste), không được cân trọng lượng để quy đổi ra khối lượng”.
Trong nhiều đơn khiếu nại, DNTN Ngọc Hưng khẳng định, họ đã đo thực tế để có khối lượng gỗ kê khai. Đáng tiếc, lô gỗ tang vật đã bị C44 bán đầu năm 2014, trong quá trình điều tra. Kết luận điều tra cho biết, bán được 63 tỷ 920 triệu đồng. Ông Trương Huy Liệu - chủ DNTN Ngọc Hưng nói, theo thời giá, lô gỗ bị bán rẻ khoảng 250 tỷ đồng. Nhưng đó là ông Liệu tính theo khối lượng của ông 535,8m3, còn nếu với khối lượng do Viện Nghiên cứu Sinh thái và Tài nguyên sinh vật đưa ra là 614,672m3 thì số tiền mất mát theo ông Liệu còn lớn hơn.