Theo cáo trạng của VKSND Tối cao, thời gian từ năm 2009 đến năm 2016, trên cơ sở đề xuất của Phan Văn Anh Vũ, ông Phan Hữu Tuấn (khi đó, lần lượt giữ các chức vụ Cục trưởng, Phó tổng cục trưởng Tổng cục V) đã duyệt, ký, trình lãnh đạo Bộ Công an ký nhiều văn bản gửi UBND TP Đà Nẵng và một số cơ quan, đề nghị tạo điều kiện cho Công ty CP Xây dựng Bắc Nam 79 (Cty 79) của Phan Văn Anh Vũ, tức Vũ "nhôm" được nhận quyền sử dụng đất và tài sản trên đất không qua đấu giá... Cụ thể:
1. Ngày 3/9/2009, Phan Văn Anh Vũ đã làm Tờ trình số 02 gửi đồng thời Chủ tịch UBND TP Đà Nẵng và Tổng cục V, xin mua nhà, đất thuộc sở hữu nhà nước tại số 319 Lê Duẩn, Đà Nẵng để phục vụ cho hoạt động nghiệp vụ.
Ngày 11/9/2009, UBND TP Đà Nẵng có văn bản số 5970 cho phép chuyển nhượng nhà, đất số 319 Lê Duẩn, Đà Nẵng cho Công ty 79.
Tại Quyết định số 9686 ngày 25/12/2009 của UBND TP Đà Nẵng phê duyệt giá bán nhà và chuyển nhượng quyền sử dụng đất tại số 319 Lê Duẩn, Đà Nẵng gần 6,9 tỷ đồng. Sau đó, Phan Văn Anh Vũ xin giảm giá và đã nộp số tiền 6,2 tỷ đồng để nhận chuyển nhượng nhà đất số 319 Lê Duẩn.
Ngay sau khi Công ty 79 được nhận quyền sử dụng nhà đất số 319 Lê Duẩn, Đà Nẵng, ngày 29/3/2010, Phan Văn Anh Vũ đã đề nghị UBND TP Đà Nẵng chuyển đổi tên người nhận quyền sử dụng đất từ Công ty 79 sang cho mình.
UBND TP Đà Nẵng đã cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền đứng tên Phan Văn Anh Vũ. Sau đó, Phan Văn Anh Vũ đã cho Công ty TNHH Pizza, chi nhánh Đà Nẵng thuê nhà đất này với giá 110 triệu đồng/tháng rồi nâng lên 121 triệu đồng/tháng.
Tính đến thời điểm bị bắt, Phan Văn Anh Vũ đã được hưởng lợi từ việc cho thuê nhà đất này là 5,2 tỷ đồng. Cơ quan chức năng xác định, giá trị quyền sử dụng đất tại số 319 Lê Duẩn, Đà Nẵng tại thời điểm khởi tố vụ án, ngày 07/02/2018 là 31,3 tỷ đồng. Số tiền Nhà nước bị thiệt hại tại thời điểm khởi tố vụ án là 25 tỷ đồng.
2. Ngày 24/11/2009, Bộ Công an có Công văn số 2773 đề nghị Chủ tịch UBND TP Đà Nẵng tạo điều kiện cho Công ty 79 nhận quyền sử dụng khu đất 3.264 m2 Công viên An Đồn cũ, để phục vụ công tác nghiệp vụ của ngành Công an.
Ngày 29/12/2010, Chủ tịch UBND TP Đà Nẵng có Công văn số 8332 đồng ý chủ trương chuyển quyền sử dụng khu đất cho Công ty 79, với tổng số tiền là 18 tỷ đồng.
Ngày 15/7/2011, Phan Văn Anh Vũ ký Tờ trình số 25, gửi Chủ tịch UBND TP Đà Nẵng, Chủ tịch UBND quận Sơn Trà và Giám đốc Công ty Quản lý và Khai thác đất, đề nghị cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất.
Ngày 10/8/2011, Chủ tịch UBND TP Đà Nẵng cho phép chuyển đổi quyền sử dụng đất từ Công ty 79 sang cho Phan Văn Anh Vũ và cho phép tách thửa khu đất trên thành 3 lô. Sau đó, Vũ được cấp các Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất.
Từ tháng 5/2016, Phan Văn Anh Vũ cho Công ty TNHH I.V.C (do Ngô Áng Hùng, anh rể Vũ làm Giám đốc, Vũ có 66,67% cổ phần, Hùng có 30% cổ phần, Phạm Minh Cương có 3,33% cổ phần) thuê khu đất này để xây dựng và kinh doanh Trường Mẫu giáo ABC với giá 30 triệu đồng/tháng. Tính đến thời điểm bị bắt, Vũ đã được hưởng lợi từ việc cho thuê khu đất này là: 540 triệu đồng.
Theo đó, giá trị quyền sử dụng đất của khu đất 3.264 m2 tại đường Ngô Quyền, phường An Hải Bắc, quận Sơn Trà, TP Đà Nẵng tại thời điểm khởi tố vụ án là 167,6 tỷ đồng.
3. Ngày 23/6/2014, Bộ Công an có Công văn số 2012 đề nghị UBND TP Đà Nẵng hỗ trợ, xem xét cho Công ty 79 được nhận chuyển nhượng quyền sử dụng Nhà, đất tại số 16 Bạch Đằng.
Ngày 12/12/2014, UBND TP Đà Nẵng có Công văn số 285 thống nhất cho Cty 79 được thuê khu đất để sản xuất kinh doanh, thời hạn 50 năm, trả tiền thuê đất 01 lần cho cả thời gian thuê.
Ngày 25/12/2014, UBND TP Đà Nẵng có Quyết định số 302, về việc thu hồi đất, cho Công ty 79 thuê đất để sử dụng vào mục đích thương mại - dịch vụ tại số 16 Bạch Đằng phê duyệt giá khởi điểm để đấu giá nhà, đất là: 83,3 tỷ đồng.
Ngày 05/01/2015 và ngày 06/4/2015, Bộ Công an lần lượt có các Công văn số 08 và số 615 đề nghị UBND TP Đà Nẵng xem xét định giá thuê đối với nhà, đất tại số 16 Bạch Đằng đối với Công ty 79.
Ngày 12/10/2015, UBND TP Đà Nẵng có Quyết định số 238 phê duyệt giá bán nhà, vật kiến trúc và giá thu tiền thuê đất tại 16 Bạch Đằng cho Công ty 79 là: 45,3 tỷ đồng. Ngày 28/4/2016, UBND TP Đà Nẵng cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất tại số 16 Bạch Đằng cho Công ty 79.
Cơ quan chức năng xác định giá trị quyền sử dụng đất tại số 16 Bạch Đằng tại thời điểm khởi tố vụ án là 187,5 tỷ đồng; số tiền Nhà nước bị thiệt hại tại thời điểm khởi tố vụ án là 142,1 tỷ đồng.
4. Ngày 22/01/2010, Bộ Công an có Công văn số 158 đề nghị UBND TP Đà Nẵng tạo điều kiện để Công ty 79 được nhận quyền sử dụng đất khu đất 1,5 ha ven biển Sơn Trà - Điện Ngọc, Đà Nẵng.
Ngày 15/02/2011, UBND TP Đà Nẵng ban hành Quyết định số 1266 phê duyệt giá thu tiền sử dụng đất khu đất trên cho Công ty 79 để xây dựng Khu trung tâm thương mại dịch vụ với giá 5 triệu đồng/m2.
Sau khi được giảm trừ giá thuê đất xuống còn 3,7 triệu đồng/m2 và giảm 10% số tiền sử dụng đất, Công ty 79 đã nộp đủ 52 tỷ đồng. Ngày 02/10/2014, UBND TP Đà Nẵng ban hành Quyết định số 6985 giao đất cho Công ty 79 để sử dụng vào mục đích đầu tư khu du lịch ven biển, thời hạn sử dụng đất 50 năm.
Ngày 08/12/2014, UBND TP Đà Nẵng đã cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho Công ty 79 với diện tích: 15.577m2.
Tại kết luận định giá tài sản, giá trị quyền sử dụng đất của Dự án Vệt du lịch ven biển từ Vegas Resort đến Khu du lịch Bến Thành Non Nước, đường Trường Sa, phường Hòa Hải, quận Ngũ Hành Sơn là: 487,8 tỷ đồng. Theo đó, số tiền Nhà nước bị thiệt hại tại thời điểm khởi tố vụ án là 435,7 tỷ đồng.
Ngày 17/4/2018, Bộ Công an quyết định khởi tố bị can đối với ông Trần Văn Minh (SN 1955), nguyên Chủ tịch UBND TP Đà Nẵng giai đoạn 2006-2011 và ông Văn Hữu Chiến (SN 1954), nguyên Chủ tịch UBND TP Đà Nẵng giai đoạn 2011-2014, về các hành vi Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí quy định tại và Vi phạm các quy định của Nhà nước về quản lý đất đai.