Theo đó, quy trình thu phí và chứng từ thu phí được áp dụng, tại Trạm vào: Người điều khiển phương tiện dừng lại tại cabin làn vào. Nhân viên thu phí phát cho người điều khiển phương tiện Thẻ vào đường (thẻ thông minh; vé từ hoặc vé mã vạch).
Hay, tại Trạm ra: Khi tới làn ra, người điều khiển phương tiện dừng lại tại cabin làn ra đưa Thẻ vào đường cho nhân viên thu phí, thanh toán tiền phí và nhận chứng từ thu phí.
Đối với xe sử dụng vé tháng, vé quý, chủ phương tiện mua vé tháng, vé quý sẽ được cấp thẻ vé tháng (có giá trị sử dụng kể từ ngày 1 đến ngày kết thúc tháng), thẻ vé quý (kể từ ngày 1 của tháng đầu quý đến ngày kết thúc quý) và chứng từ thu phí. Khi qua trạm thu phí, chủ phương tiện thực hiện quẹt thẻ tại trạm vào, trạm ra và không phải nộp phí khi qua trạm.
Cũng tại văn bản nói trên, phí sử dụng đường bộ tuyến đường Pháp Vân - Cầu Giẽ, thành phố Hà Nội được thu, nộp, quản lý và sử dụng theo quy định tại Điều 8 Thông tư số 159/2013/TT-BTC.
Thời gian bắt đầu thu phí theo mức phí tại Thông tư này kể từ khi có đủ điều kiện sau: Dự án được Bộ Giao thông vận tải cho phép và đã thực hiện nghiệm thu hoàn thành, đưa vào sử dụng; được Bộ Giao thông vận tải ban hành quyết định cho phép thu phí.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 23 tháng 5 năm 2015.