Theo nội dung bản án, HĐXX quyết định bác yêu cầu của Phó Giáo sư Phan Dũng về việc yêu cầu hiệu trưởng và trưởng phòng Tổ chức - hành chính của trường ĐHKHTN phải cải chính thông tin sai sự thật, bịa đặt, vu khống; xin lỗi công khai và bồi thường danh dự tượng trưng là 1.000 đồng.
Bản án tuyên chấp nhận yêu cầu phản tố của phía nhà trường, qua đó buộc Phó Giáo sư Phan Dũng có trách nhiệm gỡ bỏ những thông tin, tài liệu sai sự thật mà ông đã truyền bá và phát tán, trong đó có bài báo đăng khi tòa vừa thụ lý vụ kiện; cải chính và xin lỗi công khai trên thông tin đại chúng với nội dung cụ thể trên ba số báo liên tiếp…
Phiên tòa này được TAND quận 5 xét xử từ ngày 29/4, sau 1 ngày xét xử, tòa đã nghị án kéo dài đến nay mới tuyên án.
Tại phiên tòa, trường ĐHKHTN, với vai trò người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan, ông Trần Linh Thước-Hiệu trưởng nhà trường, đã phản tố.
Ông Trần Linh Thước tuyên bố ông Phan Dũng đã xâm phạm đến uy tín, danh dự, nhân phẩm của ông tại cuộc họp có hơn 200 cán bộ, nhân viên nhà trường. Từ đó, vị Hiệu trưởng đề nghị tòa buộc ông Phan Dũng phải xin lỗi công khai và cải chính thông tin trên báo chí ba số liên tiếp.
Sau khi tòa tuyên án, Phó Giáo sư, Tiến sĩ Khoa học Phan Dũng nói ông sẽ kháng cáo.