Trước đó, ngày 26/12/2018, Cục Cảnh sát Kinh tế phối hợp với Cục CSGT, cùng các đơn vị nghiệp vụ thuộc Bộ Công an bắt khẩn cấp 5 đối tượng liên quan vụ án, gồm: Ngô Bá Thắng - Giám đốc chi nhánh Long An, thuộc Công ty Yên Khánh; Trần Văn Miền - Phó giám đốc kiêm Trạm trưởng thu phí Chợ Đệm; Tô Phước Hùng - Kế toán trưởng Công ty Yên Khánh; Nguyễn Thị Kim Huệ - Kế toán viên; Nguyễn Văn Hiền - Giám đốc Công ty TNHH Kỹ thuật Xuân Phi (Công ty Xuân Phi).
Theo nguồn tin, quá trình khám xét, cơ quan điều tra đã thu giữ một số tài liệu, chứng cứ điện tử xác định các đối tượng trên có hành vi: “Mua bán, sử dụng phần mềm trái pháp luật” để trốn thuế, gây thất thu cho ngân sách của Nhà nước với số tiền rất lớn.
Từ đầu năm 2014, các đối tượng trên thuộc Công ty Yên Khánh trực tiếp giao dịch với Nguyễn Văn Hiền - Giám đốc Công ty Xuân Phi viết phần mềm can thiệp vào hệ thống phần mềm thu phí của Bộ GTVT. Công ty Xuân Phi cài lại phần mềm vào server đặt tại các trạm.
Ban đầu việc can thiệp vào phần mềm được thực hiện bằng cách: các trạm thu phí cử người nhặt vé, tập hợp nhập seri (seri các vé đã sử dụng) để đưa vào phần mềm in lại vé với seri cũ làm giảm doanh thu. Tuy nhiên cách làm này không giảm được nhiều như mong muốn.
Đến năm 2017, các đối tượng thuộc công ty Yên Khánh thuê viết cài thêm phần mềm giảm doanh thu thông qua giảm quãng đường xe qua trạm thu phí. Theo đó, xe chịu phí theo quãng đường các mức: 60, 90, 150 và 240 ngàn đồng thì sẽ đăng nhập thay đổi đơn giá quãng đường. Thông thường giảm từ 240.000 đồng xuống 60.000 đồng.
Nguồn tin cũng cho biết, trong khoảng thời gian từ tháng 1/2014-5/2018, doanh thu thực tế và doanh thu can thiệp phần mềm có sự chênh lệch giảm đã xác định sơ bộ trên 500 tỷ đồng. Hiện cơ quan điều tra đang tiếp tục làm rõ việc sử dụng, chiếm đoạt số tiền chênh lệch của các đối tượng thuộc Công ty Yên Khánh và mở rộng vụ án.
Nguồn tin cũng cho biết, trong khoảng thời gian từ tháng 1/2014-5/2018, doanh thu thực tế và doanh thu can thiệp phần mềm có sự chênh lệch giảm đã xác định sơ bộ trên 500 tỷ đồng. Hiện cơ quan điều tra đang tiếp tục làm rõ việc sử dụng, chiếm đoạt số tiền chênh lệch của các đối tượng thuộc Công ty Yên Khánh và mở rộng vụ án.