Ông Nguyễn Quảng ở lô 26 khu dân cư Hòn Rớ 1, xã Phước Đồng cho biết, ông là người đầu tiên phát hiện cá bị chết. Gia đình ông Quảng nuôi 3 lồng cá ở Cửa Bé, khu vực cảng cá Hòn Rớ nhìn ra. Chừng 21h30 ngày 21/2, ông thấy cá bống và tôm đất nổi lên lờ đờ, sau đó chừng nửa tiếng cá bắt đầu chết, nổi trắng trên mặt nước trong lồng của ông và ở ngoài sông.
Đến giữa đêm, lần lượt các lồng bè nuôi cá trên đoạn sông Đồng Bò (sông Cửa Bé) dài khoảng 1,5km từ Cửa Bé vào đến cầu Bình Tân đều có cá bị chết. Đã có 15 chủ nuôi cá ở phường Vĩnh Trường (phía Bắc sông) và 12 chủ nuôi cá ở xã Phước Đồng (phía Nam sông) kê khai thiệt hại. Trong số cá chết có 1 tấn cá mú thương phẩm, còn lượng cá giống mới thả và cá có thể xuất bán sau vài ba tháng nữa không thống kê chính xác được.
Các chủ lồng bè đều cho rằng cá chết không phải do bị đầu độc, mà do môi trường nước ở đây đã bị ô nhiễm nghiêm trọng. Khắp đoạn sông, nước có màu xanh đen, cùng với xác tôm cá còn có nhiều rác thải trôi vật vờ, bốc mùi hôi nồng nặc.
Sông Cửa Bé phải nhận nước thải từ nhiều cơ sở sản xuất lớn, như Cty Công nghiệp tàu thủy Nha Trang, các nhà máy chế biến thủy sản Anh Đào, Thiên Long, Hồng Long, F17, Vân Như…, chưa kể nước thải của hàng ngàn hộ dân. Ngay gần khu vực cá lồng của phường Vĩnh Trường bị chết nhiều là một cửa cống lớn, nước chảy ra đen ngòm.
Nhiều người nghi ngờ rằng, các cơ sở chế biến thủy sản làm vệ sinh để trở lại sản xuất sau kỳ nghỉ Tết, trong nước thải có nhiều chất có hại cho tôm cá. Đêm 21/2, thủy triều xuống, sông cạn nên nồng độ ô nhiễm tăng cao, cá không chịu nổi…
Chi cục Bảo vệ nguồn lợi thủy sản Khánh Hoà đã lấy mẫu nước trong lồng, nước ở sông, xác cá chết để Viện Pasteur Nha Trang phân tích. UBND thành phố Nha Trang đã chỉ đạo ngăn chặn việc tiêu thụ cá chết của các lồng và cá chết được vớt ở sông, tuy nhiên việc ngăn chặn này không có nhiều hiệu quả.