Việc áp dụng bộ tiêu chuẩn VietGAP được xem là giải pháp quan trọng nhằm hạn chế tối đa những tác động tiêu cực của nghề nuôi thủy sản, giúp cho nghề nuôi phát triển bền vững; đồng thời nâng cao giá trị sản phẩm, hỗ trợ hoạt động xuất khẩu.
Đến năm 2015 sẽ có 30% cơ sở nuôi thâm canh, bán thâm canh, các mô hình nuôi cải tiến đạt chứng nhận VietGAP và đến năm 2020 sẽ là 80%.
Hai đối tượng nuôi chủ lực là cá tra và tôm đều cho hiệu quả cao. Cá tra đạt sản lượng trên 1,1 triệu tấn trên tổng diện tích nuôi 5.200 ha; tôm nước lợ đạt gần 550.000 tấn trên tổng diện tích nuôi 666.000 ha. Đồng bằng sông Cửu Long là vùng dẫn đầu cả nước về diện tích nuôi lẫn sản lượng.