Theo đó, sau khi có kết luận Thanh tra số 428, BQLDA cho biết đã họp với các phòng nghiệp vụ và kiến nghị với Ban Thường vụ Tỉnh ủy, UBND tỉnh Bắc Kạn xem xét một số nội dung như: Kết luận Thanh tra số 428 chưa đúng, chưa phù hợp với thực tế dự án, chưa đề cập đến quá trình chỉ đạo hoàn thiện hồ sơ dự án.
BQLDA cho rằng kết luận Thanh tra số 428 về việc thu hồi và tạm thu hồi số tiền 58 tỷ đồng là thiếu cơ sở vì hiện dự án đang trong quá trình thi công và lập hồ sơ khối lượng thanh toán. Ngoài ra, báo cáo giải trình của BQLDA và các đơn vị liên quan cũng không được đoàn thanh tra đề cập đến trong kết luận Thanh tra số 428.