Ngày 16/8/2007, UBND TPHCM ban hành quyết định (số 3726/QĐ-UBND) thi hành kỷ luật cách chức Chánh Thanh tra Sở Y tế TPHCM đối với ông An vì không lập báo cáo, đề ra biện pháp tiêu hủy nước tương nhiễm chất 3-MCPD vượt mức quy định dẫn đến hậu quả nghiêm trọng.
Ông An cho rằng mình bị oan, gửi đơn khiếu nại lên UBND TPHCM nhưng bị bác. Ngày 18/9/2008, ông An tiếp tục có đơn khiếu nại gửi Bộ Nội vụ. Sau quá trình kiểm tra xác minh, ngày 26/12/2008, Bộ Nội vụ có quyết định yêu cầu UBND TPHCM thu hồi quyết định trên. (Tiền Phong đã có loạt bài phản ánh).
Ngày 15/1/2009, ông Lê Hoàng Quân - Chủ tịch UBND TPHCM ký quyết định thu hồi quyết định kỷ luật đối với ông An, giao Sở Y tế TPHCM thành lập lại hội đồng kỷ luật.
Trong Quyết định số 1077/QĐ-SYT về việc kỷ luật cán bộ công chức ngày 21/8/2009 đối với ông Nguyễn Đức An, hội đồng kỷ luật cho rằng, ông Nguyễn Đức An - với chức vụ là chánh thanh tra Sở Y tế, tháng 8/2005, được phân công làm trưởng đoàn thanh tra liên ngành VSATTP đã không lập báo cáo kết quả sau khi kết thúc cuộc thanh tra theo quy định.
Trao đổi với báo chí ngày 25/8, ông Lê Văn Việt - Trưởng phòng Tổ chức Cán bộ, Sở Y tế TPHCM cho biết, Sở làm đúng chức năng khi xem xét hình thức kỷ luật đối với ông An. Việc phân công nhiệm vụ mới đối với ông An còn phải chờ ban giám đốc Sở có ý kiến.
Việc ông An có được phục chức hay không, ông Việt cho biết: “Đến thời điểm hiện nay, ông An đã hết thời gian năm năm bổ nhiệm chức danh chánh thanh tra nên lãnh đạo Sở phải xem xét lại quy trình bổ nhiệm mới và sẽ phân công nhiệm vụ cho ông An trong thời gian tới”.