Trong đó, 9 điểm du lịch gồm: Trung tâm quản lý và điều hành dịch vụ; du lịch sinh thái trải nghiệm vườn thú; nghỉ dưỡng cao cấp tại kilomet 7 đường 20 Quyết Thắng; du lịch khu nuôi thả bán hoang dã Núi Đôi; du lịch nghỉ dưỡng cao cấp khu vực núi U Bò; du lịch sinh thái Thác Chày; du lịch sinh thái suối 40; du lịch nghỉ dưỡng đồi Bà Tây; du lịch nghỉ dưỡng cao cấp Hung Trắm Ná.
11 khu vực có tiềm năng độc đáo để phát triển các tuyến du lịch gồm: Khám phá thiên nhiên Rừng Re Khe; hang Cà Roòng Kling Acu; hang Vòm giếng Voọc; hang Chỉ huy, hang Cây Sanh, hang Bài; đỉnh U Bò; Quần thể Bách xanh đá; hang Hòa Hương; hang Khe Ry; khám phá, tìm hiểu lịch sử hang Công Nông Binh; xem chim, ngắm thú dọc đường HCM nhánh Tây và Đường tỉnh 562; khám phá Hung Lau.
Hiện nay, VQG Phong Nha - Kẻ Bàng tổ chức 18 tuyến, điểm, chương trình du lịch gắn với đặc trưng của vườn. Trong đó, khách du lịch có thể ghé các điểm tham quan du lịch hang động đại trà, tiêu biểu như động Phong Nha, động Thiên Đường.
Quảng Bình được mệnh danh là “vương quốc hang động” của Việt Nam. Tổng chiều dài hang động tại VQG Phong Nha - Kẻ Bàng đã được ghi nhận là trên 130 km và được chia thành ba hệ thống hang Vòm, hang Phong Nha và hang Rục Mòn. Qua thám hiểm hang động tại Quảng Bình, hiện đã có 404 hang động đã được phát hiện và khảo sát.
Khu vực Phong Nha - Kẻ Bàng đã ghi nhận được 33 di chỉ khảo cổ có niên đại từ 3.000 - 12.000 năm trước. Tiêu biểu như di chỉ hang Bi Ký trong động Phong Nha chứa đựng các dấu ấn của nền văn hóa Chăm Pa, di chỉ ở xã Hưng Trạch chứa đựng các thông tin văn hóa Đông Sơn và Sa Huỳnh. Di tích hệ chữ Brahmi có nguồn gốc Nam Ấn Độ thể hiện ngôn ngữ người Chăm, gạch, tượng đá, tượng Phật, mảnh gốm và nhiều bài vị, các di chỉ như rìu đá thuộc thời kỳ đồ đá mới cũng được phát hiện trong khu vực này.