Theo hồ sơ vụ án, từ tháng 7/2013 đến tháng 4/2014, trong quá trình thực hiện việc bồi thường, giải phóng mặt bằng và hỗ trợ tái định cư tại xã Hòa Tâm để thực hiện dự án Nhà máy lọc hóa dầu Vũng Rô, Nguyễn Tài đã chỉ đạo cho một số cán bộ ở Trung tâm Phát triển quỹ đất huyện Đông Hòa thực hiện không đúng quy định của Nhà nước trong việc đền bù, hỗ trợ giải phóng mặt bằng. Việc cố ý làm trái của Nguyễn Tài và các thuộc cấp đã gây thiệt hại cho Nhà nước gần 9,3 tỷ đồng.
Ngày 14/9/2016, TAND tỉnh Phú Yên đã xử sơ thẩm vụ án “Cố ý làm trái gây hậu quả nghiêm trọng”, tuyên phạt Nguyễn Tài 12 năm tù, hai bị cáo Nguyễn Kích, Huỳnh Ngọc Thắng (nguyên GĐ và PGĐ Trung tâm phát triển quỹ đất huyện Đông Hòa) lần lượt 10 năm tù, và 4 năm tù. 13 đồng phạm khác được tòa cho hưởng án treo.
Sau khi án sơ thẩm đã tuyên, Viện KSND Tối cao tại Đà Nẵng kháng nghị một phần bản án sơ thẩm, đề nghị xử phúc thẩm theo hướng tăng hình phạt đối với 14/16 bị cáo của vụ án, trong số đó có 13 người được tòa sơ thẩm cho hưởng án treo. Tháng 1/2017, tại phiên xử phúc thẩm, Viện KSND cấp cao tại Đà Nẵng đã rút kháng nghị phúc thẩm nội dung nói trên.
Tuy nhiên, Hội đồng xét xử phúc thẩm không chấp nhận và tuyên hủy án để điều tra lại vì có dấu hiệu của tội lợi dụng chức vụ trong khi thi hành công vụ.